Пакет: provean (1.1.5+ds-3)

[ Источник: provean  ]

Protein Variation Effect Analyzer

PROVEAN (Protein Variation Effect Analyzer) is a software tool which predicts whether an amino acid substitution or indel has an impact on the biological function of a protein.

PROVEAN is useful for filtering sequence variants to identify nonsynonymous or indel variants that are predicted to be functionally important.

The performance of PROVEAN is comparable to popular tools such as SIFT or PolyPhen-2.

A fast computation approach to obtain pairwise sequence alignment scores enabled the generation of precomputed PROVEAN predictions for 20 single AA substitutions and a single AA deletion at every amino acid position of all protein sequences in human and mouse.

Другие пакеты, относящиеся к provean

• dep: cd-hit

  suite of programs designed to quickly group sequences

• dep: libc6 (>= 2.38)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [не armel, armhf, riscv64]

  вспомогательная библиотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• dep: ncbi-blast+

  поиск первичных биологических последовательностей

Загрузка provean

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	51,0 Кб	149,0 Кб	[список файлов]
arm64	44,7 Кб	153,0 Кб	[список файлов]
armel	45,4 Кб	152,0 Кб	[список файлов]
armhf	47,3 Кб	152,0 Кб	[список файлов]
i386	52,2 Кб	144,0 Кб	[список файлов]
mips64el	49,5 Кб	222,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	49,2 Кб	153,0 Кб	[список файлов]
riscv64	48,1 Кб	113,0 Кб	[список файлов]
s390x	50,3 Кб	141,0 Кб	[список файлов]