Пакет: ncbi-blast+ (2.12.0+ds-4 и другие)

[ Источник: ncbi-blast+  ]

поиск первичных биологических последовательностей

Популярная программа для поиска гомологичных последовательностей. Есть варианты BLAST (Basic Local Alignment Search Tool), которые сравнивают нуклеотидные последовательности с базой данных секвенированных нуклеиновых кислот и их участков, есть, которые сравнивают аминокислотные последовательности белка с имеющейся базой данных белков и их участков, а также есть варианты способные транслировать нуклеотидные последовательности в аминокислотные и потом выполнять поиск по соответствующим базам. PSI-BLAST создаёт PSSM (Position Specific Scoring Matrix) при поиске белковых гомологов и использует её для дальнейших поисков. Можно также выполнять поиск белков и нуклеотидов по базе данных PSSM. NCBI поддерживает веб-страницу BLAST по адресу blast.ncbi.nlm.nih.gov, а также сетевой сервис поиска известных последовательностей.

Теги: Область: Биология, Биоинформатика, Реализовано на: implemented-in::c++, interface::commandline, Роль: Программа, Цель: use::analysing, works-with::biological-sequence

Другие пакеты, относящиеся к ncbi-blast+

• dep: libbz2-1.0

  библиотека сжатия по алгоритму Барроуза—Уилера (динамическая версия)

• dep: libc6 (>= 2.34)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [s390x]

  вспомогательная библиотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [amd64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  вспомогательная библиотека GCC OpenMP (GOMP)

• dep: liblmdb0 (>= 0.9.7)

  Lightning Memory-Mapped Database shared library

• dep: libmbedcrypto7t64 (>= 2.28.0)

  lightweight crypto and SSL/TLS library - crypto library

• dep: libmbedtls14t64 (>= 2.28.0)

  lightweight crypto and SSL/TLS library - tls library

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• dep: ncbi-data

  Platform-independent data for the NCBI toolkit

• dep: perl

  практический язык Ларри Уолла для извлечения данных и составления отчётов

• dep: python3

  интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.11.dfsg)

  библиотека сжатия

• enh: t-coffee

  Multiple Sequence Alignment

Загрузка ncbi-blast+

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	2.12.0+ds-4+b1	12 226,1 Кб	52 824,0 Кб	[список файлов]
arm64	2.12.0+ds-4+b1	11 321,3 Кб	56 237,0 Кб	[список файлов]
armel	2.12.0+ds-4+b1	10 416,5 Кб	44 383,0 Кб	[список файлов]
armhf	2.12.0+ds-4+b1	10 664,3 Кб	36 159,0 Кб	[список файлов]
i386	2.12.0+ds-4+b1	13 067,7 Кб	51 440,0 Кб	[список файлов]
mips64el	2.12.0+ds-4+b1	8 912,6 Кб	61 322,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	2.12.0+ds-4+b1	12 133,2 Кб	63 275,0 Кб	[список файлов]
s390x	2.12.0+ds-4+b1	11 697,8 Кб	52 282,0 Кб	[список файлов]