Pacote: stringtie (2.2.1+ds-3 e outros)

[ Fonte: stringtie  ]

assemble short RNAseq reads to transcripts

The abundance of transcripts in a human tissue sample can be determined by RNA sequencing. The exact sequence sampled may be random, depending on the technology used. And it may be short, i.e. shorter than the transcript. At some point, many shorter reads need to be assembled to the model the complete transcripts.

StringTie knows how to assemble of RNA-Seq into potential transcripts without the need of a reference genome and provides a quantification also of the splice variants.

Outros pacotes relacionados a stringtie

• dep: libbz2-1.0 [sparc64]

  bib. de alta qualid. de compactação de arqs. bas. em ordenação de blocos - exec

• dep: libc6 (>= 2.34) [não alpha, arm64, ia64, loong64, sh4]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [loong64, sh4]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, amd64, i386, loong64, mips64el, ppc64, riscv64, sh4, x32]

  Biblioteca de suporte GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [sparc64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Biblioteca de suporte GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Biblioteca de suporte GCC

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 4.1.1)

  Biblioteca C++ padrão da GNU v3

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [sparc64]

  biblioteca de compressão - runtime (tempo de execução)

• rec: stringtie-examples

  Pacote não disponível

• sug: cufflinks

  Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

Download de stringtie

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Versão	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
alpha (porte não oficial)	2.2.1+ds-3+b1	377.7 kB	1,263.0 kB	[lista de arquivos]
amd64	2.2.1+ds-3+b1	404.4 kB	1,025.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	2.2.1+ds-3+b2	363.9 kB	1,005.0 kB	[lista de arquivos]
armel	2.2.1+ds-3+b1	342.6 kB	972.0 kB	[lista de arquivos]
armhf	2.2.1+ds-3+b1	349.7 kB	684.0 kB	[lista de arquivos]
hppa (porte não oficial)	2.2.1+ds-3+b1	347.3 kB	1,124.0 kB	[lista de arquivos]
i386	2.2.1+ds-3+b1	433.3 kB	1,284.0 kB	[lista de arquivos]
ia64 (porte não oficial)	2.2.1+ds-3+b1	504.8 kB	2,359.0 kB	[lista de arquivos]
loong64 (porte não oficial)	2.2.1+ds-3+b1	346.8 kB	942.0 kB	[lista de arquivos]
m68k (porte não oficial)	2.2.1+ds-3+b1	334.4 kB	932.0 kB	[lista de arquivos]
mips64el	2.2.1+ds-3+b1	357.5 kB	1,239.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64 (porte não oficial)	2.2.1+ds-3+b1	410.1 kB	1,325.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	2.2.1+ds-3+b1	414.9 kB	1,261.0 kB	[lista de arquivos]
riscv64	2.2.1+ds-3+b1	390.0 kB	773.0 kB	[lista de arquivos]
s390x	2.2.1+ds-3+b1	418.4 kB	1,121.0 kB	[lista de arquivos]
sh4 (porte não oficial)	2.2.1+ds-3+b1	464.2 kB	877.0 kB	[lista de arquivos]
sparc64 (porte não oficial)	2.2.1+ds-3+b1	351.1 kB	1,073.0 kB	[lista de arquivos]
x32 (porte não oficial)	2.2.1+ds-3+b1	401.5 kB	1,004.0 kB	[lista de arquivos]