Пакунок: stringtie (2.2.1+ds-3 and others)

[ Source: stringtie  ]

assemble short RNAseq reads to transcripts

The abundance of transcripts in a human tissue sample can be determined by RNA sequencing. The exact sequence sampled may be random, depending on the technology used. And it may be short, i.e. shorter than the transcript. At some point, many shorter reads need to be assembled to the model the complete transcripts.

StringTie knows how to assemble of RNA-Seq into potential transcripts without the need of a reference genome and provides a quantification also of the splice variants.

Інші пакунки пов'язані з stringtie

• dep: libbz2-1.0 [sparc64]

  Стискання файлів за алгоритмом Барроуза-Уїлера — виконавчий модуль

• dep: libc6 (>= 2.34) [not alpha, arm64, ia64, sh4]

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, amd64, i386, mips64el, ppc64, riscv64, sh4, x32]

  Допоміжна бібліотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [sparc64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Допоміжна бібліотека GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Допоміжна бібліотека GCC

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 4.1.1)

  Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [sparc64]

  Бібліотека стискання даних (виконавчий модуль)

• rec: stringtie-examples

  Пакунок недоступний

• sug: cufflinks

  Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

Завантажити stringtie

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Версія	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
alpha (unofficial port)	2.2.1+ds-3+b1	377.7 kB	1,263.0 kB	[список файлів]
amd64	2.2.1+ds-3+b1	404.4 kB	1,025.0 kB	[список файлів]
arm64	2.2.1+ds-3+b2	363.9 kB	1,005.0 kB	[список файлів]
armel	2.2.1+ds-3+b1	342.6 kB	972.0 kB	[список файлів]
armhf	2.2.1+ds-3+b1	349.7 kB	684.0 kB	[список файлів]
hppa (unofficial port)	2.2.1+ds-3+b1	347.3 kB	1,124.0 kB	[список файлів]
i386	2.2.1+ds-3+b1	433.3 kB	1,284.0 kB	[список файлів]
ia64 (unofficial port)	2.2.1+ds-3+b1	504.8 kB	2,359.0 kB	[список файлів]
m68k (unofficial port)	2.2.1+ds-3+b1	334.4 kB	932.0 kB	[список файлів]
mips64el	2.2.1+ds-3+b1	357.5 kB	1,239.0 kB	[список файлів]
ppc64 (unofficial port)	2.2.1+ds-3+b1	410.1 kB	1,325.0 kB	[список файлів]
ppc64el	2.2.1+ds-3+b1	414.9 kB	1,261.0 kB	[список файлів]
riscv64	2.2.1+ds-3+b1	390.0 kB	773.0 kB	[список файлів]
s390x	2.2.1+ds-3+b1	418.4 kB	1,121.0 kB	[список файлів]
sh4 (unofficial port)	2.2.1+ds-3+b1	464.2 kB	877.0 kB	[список файлів]
sparc64 (unofficial port)	2.2.1+ds-3+b1	351.1 kB	1,073.0 kB	[список файлів]
x32 (unofficial port)	2.2.1+ds-3+b1	401.5 kB	1,004.0 kB	[список файлів]