Pacote: stringtie (2.1.4+ds-4)

[ Fonte: stringtie  ]

assemble short RNAseq reads to transcripts

The abundance of transcripts in a human tissue sample can be determined by RNA sequencing. The exact sequence sampled may be random, depending on the technology used. And it may be short, i.e. shorter than the transcript. At some point, many shorter reads need to be assembled to the model the complete transcripts.

StringTie knows how to assemble of RNA-Seq into potential transcripts without the need of a reference genome and provides a quantification also of the splice variants.

Outros pacotes relacionados a stringtie

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.7) [não amd64, arm64, ppc64el]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [amd64, mips64el]

  Biblioteca de suporte GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]

• dep: libhts3 (>= 1.10)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 4.1.1)

  Biblioteca C++ padrão da GNU v3

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  biblioteca de compressão - runtime (tempo de execução)

• rec: stringtie-examples

  Pacote não disponível

• sug: cufflinks

  Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

Download de stringtie

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
amd64	397.0 kB	1,018.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	340.6 kB	970.0 kB	[lista de arquivos]
armel	332.9 kB	949.0 kB	[lista de arquivos]
armhf	344.0 kB	657.0 kB	[lista de arquivos]
i386	419.7 kB	1,237.0 kB	[lista de arquivos]
mips64el	356.1 kB	1,194.0 kB	[lista de arquivos]
mipsel	350.4 kB	1,177.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	402.0 kB	1,310.0 kB	[lista de arquivos]
s390x	354.9 kB	1,078.0 kB	[lista de arquivos]