パッケージ: stringtie (2.2.1+ds-3 など)

[ ソース: stringtie  ]

assemble short RNAseq reads to transcripts

The abundance of transcripts in a human tissue sample can be determined by RNA sequencing. The exact sequence sampled may be random, depending on the technology used. And it may be short, i.e. shorter than the transcript. At some point, many shorter reads need to be assembled to the model the complete transcripts.

StringTie knows how to assemble of RNA-Seq into potential transcripts without the need of a reference genome and provides a quantification also of the splice variants.

その他の stringtie 関連パッケージ

• dep: libbz2-1.0 [sparc64]

  高品質なブロックソートファイル圧縮器 - ランタイム

• dep: libc6 (>= 2.34) [alpha, arm64, ia64, sh4 以外]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, amd64, i386, mips64el, ppc64, riscv64, sh4, x32]

  GCC 共有ライブラリ

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [sparc64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC 共有ライブラリ

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC 共有ライブラリ

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 4.1.1)

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [sparc64]

  圧縮ライブラリ - ランタイム

• rec: stringtie-examples

  パッケージは利用できません

• sug: cufflinks

  Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

stringtie のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
alpha (非公式の移植版)	2.2.1+ds-3+b1	377.7 kB	1,263.0 kB	[ファイル一覧]
amd64	2.2.1+ds-3+b1	404.4 kB	1,025.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	2.2.1+ds-3+b2	363.9 kB	1,005.0 kB	[ファイル一覧]
armel	2.2.1+ds-3+b1	342.6 kB	972.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	2.2.1+ds-3+b1	349.7 kB	684.0 kB	[ファイル一覧]
hppa (非公式の移植版)	2.2.1+ds-3+b1	347.3 kB	1,124.0 kB	[ファイル一覧]
i386	2.2.1+ds-3+b1	433.3 kB	1,284.0 kB	[ファイル一覧]
ia64 (非公式の移植版)	2.2.1+ds-3+b1	504.8 kB	2,359.0 kB	[ファイル一覧]
m68k (非公式の移植版)	2.2.1+ds-3+b1	334.4 kB	932.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	2.2.1+ds-3+b1	357.5 kB	1,239.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64 (非公式の移植版)	2.2.1+ds-3+b1	410.1 kB	1,325.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	2.2.1+ds-3+b1	414.9 kB	1,261.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	2.2.1+ds-3+b1	390.0 kB	773.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	2.2.1+ds-3+b1	418.4 kB	1,121.0 kB	[ファイル一覧]
sh4 (非公式の移植版)	2.2.1+ds-3+b1	464.2 kB	877.0 kB	[ファイル一覧]
sparc64 (非公式の移植版)	2.2.1+ds-3+b1	351.1 kB	1,073.0 kB	[ファイル一覧]
x32 (非公式の移植版)	2.2.1+ds-3+b1	401.5 kB	1,004.0 kB	[ファイル一覧]