Пакет: stringtie (2.2.1+ds-3 и другие)

[ Источник: stringtie  ]

assemble short RNAseq reads to transcripts

The abundance of transcripts in a human tissue sample can be determined by RNA sequencing. The exact sequence sampled may be random, depending on the technology used. And it may be short, i.e. shorter than the transcript. At some point, many shorter reads need to be assembled to the model the complete transcripts.

StringTie knows how to assemble of RNA-Seq into potential transcripts without the need of a reference genome and provides a quantification also of the splice variants.

Другие пакеты, относящиеся к stringtie

• dep: libbz2-1.0 [sparc64]

  библиотека сжатия по алгоритму Барроуза—Уилера (динамическая версия)

• dep: libc6 (>= 2.34) [не alpha, arm64, ia64, sh4]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, amd64, i386, mips64el, ppc64, riscv64, sh4, x32]

  вспомогательная библиотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [sparc64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 4.1.1)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [sparc64]

  библиотека сжатия

• rec: stringtie-examples

  Пакет недоступен

• sug: cufflinks

  Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

Загрузка stringtie

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
alpha (неофициальный перенос)	2.2.1+ds-3+b1	377,7 Кб	1 263,0 Кб	[список файлов]
amd64	2.2.1+ds-3+b1	404,4 Кб	1 025,0 Кб	[список файлов]
arm64	2.2.1+ds-3+b2	363,9 Кб	1 005,0 Кб	[список файлов]
armel	2.2.1+ds-3+b1	342,6 Кб	972,0 Кб	[список файлов]
armhf	2.2.1+ds-3+b1	349,7 Кб	684,0 Кб	[список файлов]
hppa (неофициальный перенос)	2.2.1+ds-3+b1	347,3 Кб	1 124,0 Кб	[список файлов]
i386	2.2.1+ds-3+b1	433,3 Кб	1 284,0 Кб	[список файлов]
ia64 (неофициальный перенос)	2.2.1+ds-3+b1	504,8 Кб	2 359,0 Кб	[список файлов]
m68k (неофициальный перенос)	2.2.1+ds-3+b1	334,4 Кб	932,0 Кб	[список файлов]
mips64el	2.2.1+ds-3+b1	357,5 Кб	1 239,0 Кб	[список файлов]
ppc64 (неофициальный перенос)	2.2.1+ds-3+b1	410,1 Кб	1 325,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	2.2.1+ds-3+b1	414,9 Кб	1 261,0 Кб	[список файлов]
riscv64	2.2.1+ds-3+b1	390,0 Кб	773,0 Кб	[список файлов]
s390x	2.2.1+ds-3+b1	418,4 Кб	1 121,0 Кб	[список файлов]
sh4 (неофициальный перенос)	2.2.1+ds-3+b1	464,2 Кб	877,0 Кб	[список файлов]
sparc64 (неофициальный перенос)	2.2.1+ds-3+b1	351,1 Кб	1 073,0 Кб	[список файлов]
x32 (неофициальный перенос)	2.2.1+ds-3+b1	401,5 Кб	1 004,0 Кб	[список файлов]