Pakiet: stringtie (2.2.1+ds-3 i inne)

[ Pakiet źródłowy: stringtie  ]

assemble short RNAseq reads to transcripts

The abundance of transcripts in a human tissue sample can be determined by RNA sequencing. The exact sequence sampled may be random, depending on the technology used. And it may be short, i.e. shorter than the transcript. At some point, many shorter reads need to be assembled to the model the complete transcripts.

StringTie knows how to assemble of RNA-Seq into potential transcripts without the need of a reference genome and provides a quantification also of the splice variants.

Inne pakiety związane z stringtie

• dep: libbz2-1.0 [sparc64]

  Wysokiej jakości biblioteka kompresji plików - wersja uruchomieniowa

• dep: libc6 (>= 2.34) [nie alpha, arm64, ia64, sh4]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, amd64, i386, mips64el, ppc64, riscv64, sh4, x32]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [sparc64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 4.1.1)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• dep: python3

  Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [sparc64]

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

• rec: stringtie-examples

  Pakiet niedostępny

• sug: cufflinks

  Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

Pobieranie stringtie

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	2.2.1+ds-3+b1	377,7 KiB	1 263,0 KiB	[lista plików]
amd64	2.2.1+ds-3+b1	404,4 KiB	1 025,0 KiB	[lista plików]
arm64	2.2.1+ds-3+b2	363,9 KiB	1 005,0 KiB	[lista plików]
armel	2.2.1+ds-3+b1	342,6 KiB	972,0 KiB	[lista plików]
armhf	2.2.1+ds-3+b1	349,7 KiB	684,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	2.2.1+ds-3+b1	347,3 KiB	1 124,0 KiB	[lista plików]
i386	2.2.1+ds-3+b1	433,3 KiB	1 284,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	2.2.1+ds-3+b1	504,8 KiB	2 359,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	2.2.1+ds-3+b1	334,4 KiB	932,0 KiB	[lista plików]
mips64el	2.2.1+ds-3+b1	357,5 KiB	1 239,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	2.2.1+ds-3+b1	410,1 KiB	1 325,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	2.2.1+ds-3+b1	414,9 KiB	1 261,0 KiB	[lista plików]
riscv64	2.2.1+ds-3+b1	390,0 KiB	773,0 KiB	[lista plików]
s390x	2.2.1+ds-3+b1	418,4 KiB	1 121,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	2.2.1+ds-3+b1	464,2 KiB	877,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	2.2.1+ds-3+b1	351,1 KiB	1 073,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	2.2.1+ds-3+b1	401,5 KiB	1 004,0 KiB	[lista plików]