Pacote: cufflinks (2.2.1+dfsg.1-10) [non-free]

[ Fonte: cufflinks  ]

Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

Cufflinks assembles transcripts, estimates their abundances, and tests for differential expression and regulation in RNA-Seq samples. It accepts aligned RNA-Seq reads and assembles the alignments into a parsimonious set of transcripts. Cufflinks then estimates the relative abundances of these transcripts based on how many reads support each one.

This package provides the binary of cufflinks and associated tools, i.e. compress_gtf, cuffcompare, cuffdiff, cuffmerge, cuffnorm, cuffquant and gtf_to_sam.

Etiquetas: Biologia: Ácidos nucleicos, Campo: Biologia, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Função: Programa, Funciona com: Sequência biológica

Outros pacotes relacionados a cufflinks

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  serialization library for C++

• dep: libboost-thread1.83.0 (>= 1.83.0)

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  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
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• dep: libgcc-s1 (>= 4.0) [amd64, armel, armhf]

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  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el, riscv64]

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Arquitetura	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
amd64	1,552.7 kB	10,980.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	1,437.2 kB	10,662.0 kB	[lista de arquivos]
armel	1,295.1 kB	9,713.0 kB	[lista de arquivos]
armhf	1,167.7 kB	6,533.0 kB	[lista de arquivos]
i386	1,576.6 kB	10,987.0 kB	[lista de arquivos]
mips64el	1,605.5 kB	15,646.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	1,553.3 kB	13,734.0 kB	[lista de arquivos]
riscv64	1,551.7 kB	8,570.0 kB	[lista de arquivos]
s390x	1,494.6 kB	11,938.0 kB	[lista de arquivos]