Pacote: examl (3.0.22-6 e outros)

[ Fonte: examl  ]

Exascale Maximum Likelihood (ExaML) code for phylogenetic inference

Exascale Maximum Likelihood (ExaML) is a code for phylogenetic inference using MPI. This code implements the popular RAxML search algorithm for maximum likelihood based inference of phylogenetic trees.

ExaML is a strapped-down light-weight version of RAxML for phylogenetic inference on huge datasets. It can only execute some very basic functions and is intended for computer-savvy users that can write little perl-scripts and have experience using queue submission scripts for clusters. ExaML only implements the CAT and GAMMA models of rate heterogeneity for binary, DNA, and protein data.

ExaML uses a radically new MPI parallelization approach that yields improved parallel efficiency, in particular on partitioned multi-gene or whole-genome datasets. It also implements a new load balancing algorithm that yields better parallel efficiency.

It is up to 4 times faster than its predecessor RAxML-Light and scales to a larger number of processors.

Outros pacotes relacionados a examl

• dep: libc6 (>= 2.38) [não alpha, ia64, loong64, sh4]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libmpich12 [armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4]

  Shared libraries for MPICH

  dep: libmpich12 (>= 4.2.0) [x32]

• dep: libopenmpi3t64 (>= 4.1.6) [ia64]

  high performance message passing library -- shared library

• dep: libopenmpi40 (>= 5.0.6) [loong64, ppc64, sparc64]

  high performance message passing library -- shared library

  dep: libopenmpi40 (>= 5.0.7) [alpha, amd64, arm64, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x]

• dep: mpi-default-bin [não ia64]

  Standard MPI runtime programs (metapackage)

• dep: openmpi-bin [ia64]

  biblioteca de passagem de mensagens de alto desempenho -- binários

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Arquitetura	Versão	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
alpha (porte não oficial)	3.0.22-6+b2	832.6 kB	1,921.0 kB	[lista de arquivos]
amd64	3.0.22-6+b3	959.8 kB	6,371.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	3.0.22-6+b3	778.9 kB	1,665.0 kB	[lista de arquivos]
armel	3.0.22-6+b2	797.6 kB	2,046.0 kB	[lista de arquivos]
armhf	3.0.22-6+b2	785.0 kB	1,598.0 kB	[lista de arquivos]
hppa (porte não oficial)	3.0.22-6+b1	813.1 kB	1,744.0 kB	[lista de arquivos]
i386	3.0.22-6+b2	1,094.5 kB	7,369.0 kB	[lista de arquivos]
ia64 (porte não oficial)	3.0.22-5	955.5 kB	2,818.0 kB	[lista de arquivos]
loong64 (porte não oficial)	3.0.22-6	795.0 kB	1,791.0 kB	[lista de arquivos]
m68k (porte não oficial)	3.0.22-6+b1	763.6 kB	1,782.0 kB	[lista de arquivos]
mips64el	3.0.22-6+b3	819.7 kB	1,813.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64 (porte não oficial)	3.0.22-6+b2	835.6 kB	1,921.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	3.0.22-6+b3	836.8 kB	1,793.0 kB	[lista de arquivos]
riscv64	3.0.22-6+b3	835.0 kB	1,577.0 kB	[lista de arquivos]
s390x	3.0.22-6+b3	826.1 kB	2,061.0 kB	[lista de arquivos]
sh4 (porte não oficial)	3.0.22-6+b1	888.6 kB	1,854.0 kB	[lista de arquivos]
sparc64 (porte não oficial)	3.0.22-6+b2	816.1 kB	3,718.0 kB	[lista de arquivos]
x32 (porte não oficial)	3.0.22-6+b1	781.9 kB	1,742.0 kB	[lista de arquivos]