Paket: examl (3.0.22-6 och andra)

[ Källkod: examl  ]

Exascale Maximum Likelihood (ExaML) code for phylogenetic inference

Exascale Maximum Likelihood (ExaML) is a code for phylogenetic inference using MPI. This code implements the popular RAxML search algorithm for maximum likelihood based inference of phylogenetic trees.

ExaML is a strapped-down light-weight version of RAxML for phylogenetic inference on huge datasets. It can only execute some very basic functions and is intended for computer-savvy users that can write little perl-scripts and have experience using queue submission scripts for clusters. ExaML only implements the CAT and GAMMA models of rate heterogeneity for binary, DNA, and protein data.

ExaML uses a radically new MPI parallelization approach that yields improved parallel efficiency, in particular on partitioned multi-gene or whole-genome datasets. It also implements a new load balancing algorithm that yields better parallel efficiency.

It is up to 4 times faster than its predecessor RAxML-Light and scales to a larger number of processors.

Andra paket besläktade med examl

• dep: libc6 (>= 2.38) [ej alpha, ia64, sh4]

  GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libmpich12 [armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4]

  Shared libraries for MPICH

  dep: libmpich12 (>= 4.2.0) [x32]

• dep: libopenmpi3t64 (>= 4.1.6) [ia64]

  high performance message passing library -- shared library

• dep: libopenmpi40 (>= 5.0.6) [ej armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, sh4, x32]

  high performance message passing library -- shared library

• dep: mpi-default-bin [ej ia64]

  Standard MPI runtime programs (metapackage)

• dep: openmpi-bin [ia64]

  high performance message passing library -- binaries

Hämta examl

Hämtningar för alla tillgängliga arkitekturer

Arkitektur	Version	Paketstorlek	Installerad storlek	Filer
alpha (inofficiell anpassning)	3.0.22-6+b1	832,3 kbyte	1.921,0 kbyte	[filförteckning]
amd64	3.0.22-6+b2	937,8 kbyte	6.019,0 kbyte	[filförteckning]
arm64	3.0.22-6+b2	778,7 kbyte	1.665,0 kbyte	[filförteckning]
armel	3.0.22-6+b1	797,3 kbyte	2.046,0 kbyte	[filförteckning]
armhf	3.0.22-6+b1	786,3 kbyte	1.598,0 kbyte	[filförteckning]
hppa (inofficiell anpassning)	3.0.22-6+b1	813,1 kbyte	1.744,0 kbyte	[filförteckning]
i386	3.0.22-6+b1	1.078,9 kbyte	7.013,0 kbyte	[filförteckning]
ia64 (inofficiell anpassning)	3.0.22-5	955,5 kbyte	2.818,0 kbyte	[filförteckning]
m68k (inofficiell anpassning)	3.0.22-6+b1	763,6 kbyte	1.782,0 kbyte	[filförteckning]
mips64el	3.0.22-6+b2	818,6 kbyte	1.813,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64 (inofficiell anpassning)	3.0.22-6+b2	835,6 kbyte	1.921,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64el	3.0.22-6+b2	837,7 kbyte	1.793,0 kbyte	[filförteckning]
riscv64	3.0.22-6+b2	835,6 kbyte	1.577,0 kbyte	[filförteckning]
s390x	3.0.22-6+b2	826,1 kbyte	2.061,0 kbyte	[filförteckning]
sh4 (inofficiell anpassning)	3.0.22-6+b1	888,6 kbyte	1.854,0 kbyte	[filförteckning]
sparc64 (inofficiell anpassning)	3.0.22-6+b2	816,1 kbyte	3.718,0 kbyte	[filförteckning]
x32 (inofficiell anpassning)	3.0.22-6+b1	781,9 kbyte	1.742,0 kbyte	[filförteckning]