Package: stringtie (2.1.4+ds-4)

[ Source: stringtie  ]

Saml korte RNAseq-læsninger til transkripter

Mangfoldigheden af transkripter i menneskevævsprøver kan bestemmes via RNA-sekventering. Den præcise sekvens indhentet kan være vilkårlig, afhængig af anvendt teknologi. Og den kan være kort, dvs. kortere end transkripten. På et tidspunkt har mange korte læsninger brug for at samles til modellen for den fuldstændige transkript.

StringTie ved hvordan RNA-seq skal samles til potentielle transkripter uden behov for et referencegenom og tilbyder en kvantifikation af splice- varianterne.

Other Packages Related to stringtie

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.7) [not amd64, arm64, ppc64el]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [amd64, mips64el]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]

• dep: libhts3 (>= 1.10)

  C-bibliotek for høj-gennemløb sekvensdataformater

• dep: libstdc++6 (>= 4.1.1)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

• rec: stringtie-examples

  Package not available

• sug: cufflinks

  Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

Download stringtie

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	397.0 kB	1,018.0 kB	[list of files]
arm64	340.6 kB	970.0 kB	[list of files]
armel	332.9 kB	949.0 kB	[list of files]
armhf	344.0 kB	657.0 kB	[list of files]
i386	419.7 kB	1,237.0 kB	[list of files]
mips64el	356.1 kB	1,194.0 kB	[list of files]
mipsel	350.4 kB	1,177.0 kB	[list of files]
ppc64el	402.0 kB	1,310.0 kB	[list of files]
s390x	354.9 kB	1,078.0 kB	[list of files]