Paquet : stringtie (2.1.4+ds-4)

[ Paquet source : stringtie  ]

assemble short RNAseq reads to transcripts

The abundance of transcripts in a human tissue sample can be determined by RNA sequencing. The exact sequence sampled may be random, depending on the technology used. And it may be short, i.e. shorter than the transcript. At some point, many shorter reads need to be assembled to the model the complete transcripts.

StringTie knows how to assemble of RNA-Seq into potential transcripts without the need of a reference genome and provides a quantification also of the splice variants.

Autres paquets associés à stringtie

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.7) [non amd64, arm64, ppc64el]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [amd64, mips64el]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]

• dep: libhts3 (>= 1.10)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 4.1.1)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  Bibliothèque de compression - binaires

• rec: stringtie-examples

  Paquet indisponible

• sug: cufflinks

  Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

Télécharger stringtie

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	397,0 ko	1 018,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	340,6 ko	970,0 ko	[liste des fichiers]
armel	332,9 ko	949,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	344,0 ko	657,0 ko	[liste des fichiers]
i386	419,7 ko	1 237,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	356,1 ko	1 194,0 ko	[liste des fichiers]
mipsel	350,4 ko	1 177,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	402,0 ko	1 310,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	354,9 ko	1 078,0 ko	[liste des fichiers]