Pakiet: stringtie (2.1.4+ds-4)

[ Pakiet źródłowy: stringtie  ]

assemble short RNAseq reads to transcripts

The abundance of transcripts in a human tissue sample can be determined by RNA sequencing. The exact sequence sampled may be random, depending on the technology used. And it may be short, i.e. shorter than the transcript. At some point, many shorter reads need to be assembled to the model the complete transcripts.

StringTie knows how to assemble of RNA-Seq into potential transcripts without the need of a reference genome and provides a quantification also of the splice variants.

Inne pakiety związane z stringtie

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.7) [nie amd64, arm64, ppc64el]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [amd64, mips64el]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]

• dep: libhts3 (>= 1.10)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 4.1.1)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

• rec: stringtie-examples

  Pakiet niedostępny

• sug: cufflinks

  Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

Pobieranie stringtie

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	397,0 KiB	1 018,0 KiB	[lista plików]
arm64	340,6 KiB	970,0 KiB	[lista plików]
armel	332,9 KiB	949,0 KiB	[lista plików]
armhf	344,0 KiB	657,0 KiB	[lista plików]
i386	419,7 KiB	1 237,0 KiB	[lista plików]
mips64el	356,1 KiB	1 194,0 KiB	[lista plików]
mipsel	350,4 KiB	1 177,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	402,0 KiB	1 310,0 KiB	[lista plików]
s390x	354,9 KiB	1 078,0 KiB	[lista plików]