Pakiet: maffilter (1.3.1+dfsg-6)

[ Pakiet źródłowy: maffilter  ]

process genome alignment in the Multiple Alignment Format

MafFilter applies a series of "filters" to a MAF file, in order to clean it, extract data and computer statistics while keeping track of the associated meta-data such as genome coordinates and quality scores.

 * It can process the alignment to remove low-quality / ambiguous /
   masked regions.
 * It can export data into a single or multiple alignment file in
   format such as Fasta or Clustal.
 * It can read annotation data in GFF or GTF format, and extract the
   corresponding alignment.
 * It can perform sliding windows calculations.
 * It can reconstruct phylogeny/genealogy along the genome alignment.
 * It can compute population genetics statistics, such as site
   frequency spectrum, number of fixed/polymorphic sites, etc.

Inne pakiety związane z maffilter

• dep: libboost-iostreams1.83.0 (>= 1.83.0)

  Biblioteka Boost.Iostreams

• dep: libbpp-core4t64 (>= 2.4.1)

  Bio++ Core library

• dep: libbpp-phyl-omics3t64 (>= 2.4.1)

  Bio++ Phylogenetics library: genomics components

• dep: libbpp-phyl12t64 (>= 2.4.1)

  Bio++ Phylogenetic library

• dep: libbpp-seq-omics3t64 (>= 2.4.1)

  Bio++ Sequence library: genomics components

• dep: libbpp-seq12t64 (>= 2.4.1)

  Bio++ Sequence library

• dep: libc6 (>= 2.34)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nie armel, armhf]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• sug: maffilter-examples

  process genome alignment in the Multiple Alignment Format (example data)

Pobieranie maffilter

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	259,5 KiB	1 308,0 KiB	[lista plików]
arm64	237,9 KiB	1 368,0 KiB	[lista plików]
armel	222,9 KiB	1 179,0 KiB	[lista plików]
armhf	228,8 KiB	1 039,0 KiB	[lista plików]
i386	266,2 KiB	1 271,0 KiB	[lista plików]
mips64el	225,2 KiB	1 489,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	254,5 KiB	1 432,0 KiB	[lista plików]
s390x	247,8 KiB	1 320,0 KiB	[lista plików]