Paquet : maffilter (1.3.1+dfsg-6 et autres)

[ Paquet source : maffilter  ]

process genome alignment in the Multiple Alignment Format

MafFilter applies a series of "filters" to a MAF file, in order to clean it, extract data and computer statistics while keeping track of the associated meta-data such as genome coordinates and quality scores.

 * It can process the alignment to remove low-quality / ambiguous /
   masked regions.
 * It can export data into a single or multiple alignment file in
   format such as Fasta or Clustal.
 * It can read annotation data in GFF or GTF format, and extract the
   corresponding alignment.
 * It can perform sliding windows calculations.
 * It can reconstruct phylogeny/genealogy along the genome alignment.
 * It can compute population genetics statistics, such as site
   frequency spectrum, number of fixed/polymorphic sites, etc.

Autres paquets associés à maffilter

• dep: libboost-iostreams1.83.0 (>= 1.83.0)

  bibliothèque Boost.Iostreams

• dep: libbpp-core4t64 (>= 2.4.1)

  bibliothèque principale de Bio++

• dep: libbpp-phyl-omics3t64 (>= 2.4.1)

  bibliothèque de phylogénétique de Bio++ – composants génomiques

• dep: libbpp-phyl12t64 (>= 2.4.1)

  bibliothèque de phylogénétique de Bio++

• dep: libbpp-seq-omics3t64 (>= 2.4.1)

  bibliothèque de séquences pour Bio++ – composants génomiques

• dep: libbpp-seq12t64 (>= 2.4.1)

  bibliothèque de séquences pour Bio++

• dep: libc6 (>= 2.34)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [non armel, armhf, riscv64]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• sug: maffilter-examples

  process genome alignment in the Multiple Alignment Format (example data)

Télécharger maffilter

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	1.3.1+dfsg-6	259,5 ko	1 308,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	1.3.1+dfsg-6+b1	238,6 ko	1 369,0 ko	[liste des fichiers]
armel	1.3.1+dfsg-6	222,9 ko	1 179,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	1.3.1+dfsg-6	228,8 ko	1 039,0 ko	[liste des fichiers]
i386	1.3.1+dfsg-6	266,2 ko	1 271,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	1.3.1+dfsg-6	225,2 ko	1 489,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	1.3.1+dfsg-6	254,5 ko	1 432,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	1.3.1+dfsg-6	248,2 ko	1 176,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	1.3.1+dfsg-6	247,8 ko	1 320,0 ko	[liste des fichiers]