Pakiet: fasttree (2.1.11-2 i inne)

[ Pakiet źródłowy: fasttree  ]

phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences

FastTree infers approximately-maximum-likelihood phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences. It handles alignments with up to a million of sequences in a reasonable amount of time and memory. For large alignments, FastTree is 100-1,000 times faster than PhyML 3.0 or RAxML 7.

FastTree is more accurate than PhyML 3 with default settings, and much more accurate than the distance-matrix methods that are traditionally used for large alignments. FastTree uses the Jukes-Cantor or generalized time-reversible (GTR) models of nucleotide evolution and the JTT (Jones-Taylor-Thornton 1992) model of amino acid evolution. To account for the varying rates of evolution across sites, FastTree uses a single rate for each site (the "CAT" approximation). To quickly estimate the reliability of each split in the tree, FastTree computes local support values with the Shimodaira-Hasegawa test (these are the same as PhyML 3's "SH-like local supports").

This package contains a single threaded version (fasttree) and a parallel version which uses OpenMP (fasttreMP).

Inne pakiety związane z fasttree

• dep: libc6 (>= 2.29) [nie alpha, arm64, ia64, riscv64, sh4]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.31) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [arm64, riscv64]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  Biblioteka wspierająca GCC OpenMP (GOMP)

Pobieranie fasttree

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	2.1.11-2	176,6 KiB	531,0 KiB	[lista plików]
amd64	2.1.11-2	176,6 KiB	483,0 KiB	[lista plików]
arm64	2.1.11-2+b1	171,2 KiB	507,0 KiB	[lista plików]
armel	2.1.11-2	172,2 KiB	509,0 KiB	[lista plików]
armhf	2.1.11-2	164,9 KiB	385,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	2.1.11-2	170,8 KiB	471,0 KiB	[lista plików]
i386	2.1.11-2	178,9 KiB	517,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	2.1.11-2	208,6 KiB	857,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	2.1.11-2	161,9 KiB	465,0 KiB	[lista plików]
mips64el	2.1.11-2	171,5 KiB	527,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	2.1.11-2	181,7 KiB	635,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	2.1.11-2	181,9 KiB	635,0 KiB	[lista plików]
riscv64	2.1.11-2+b1	178,3 KiB	423,0 KiB	[lista plików]
s390x	2.1.11-2	166,4 KiB	493,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	2.1.11-2	187,7 KiB	441,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	2.1.11-2	163,5 KiB	493,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	2.1.11-2	175,3 KiB	469,0 KiB	[lista plików]