Pakiet: sga (0.10.14-2) [debports]

[ Pakiet źródłowy:  ]

de novo genome assembler that uses string graphs

The major goal of SGA is to be very memory efficient, which is achieved by using a compressed representation of DNA sequence reads.

SGA is a de novo assembler for DNA sequence reads. It is based on Gene Myers' string graph formulation of assembly and uses the FM-index/Burrows-Wheeler transform to efficiently find overlaps between sequence reads.

Inne pakiety związane z sga

• dep: libbamtools2.4.0

  Pakiet niedostępny

• dep: libc6 (>= 2.23)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: libgcc4 (>= 4.1.1)

  Pakiet niedostępny

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  Biblioteka wspierająca GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• dep: python

  Pakiet niedostępny

• dep: python-pysam

  Pakiet niedostępny

• dep: python-ruffus

  Pakiet niedostępny

• dep: samtools

  Przetwarzanie dopasowań sekwencji w formatach SAM, BAM i CRAM

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

• sug: abyss (>= 1.5.2-2)

  Nowy, równoległy, sekwencyjny asembler do krótkich odczytów

Pobieranie sga

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
hppa (port nieoficjalny)	977,9 KiB	2 993,0 KiB	[lista plików]