Paket: sga (0.10.14-2) [debports]

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de novo genome assembler that uses string graphs

The major goal of SGA is to be very memory efficient, which is achieved by using a compressed representation of DNA sequence reads.

SGA is a de novo assembler for DNA sequence reads. It is based on Gene Myers' string graph formulation of assembly and uses the FM-index/Burrows-Wheeler transform to efficiently find overlaps between sequence reads.

Andere Pakete mit Bezug zu sga

• dep: libbamtools2.4.0

  Paket nicht verfügbar

• dep: libc6 (>= 2.23)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: libgcc4 (>= 4.1.1)

  Paket nicht verfügbar

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  Unterstützungsbibliothek für GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

• dep: python

  Paket nicht verfügbar

• dep: python-pysam

  Paket nicht verfügbar

• dep: python-ruffus

  Paket nicht verfügbar

• dep: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

• sug: abyss (>= 1.5.2-2)

  Paralleler De-novo-Sequenzassembler für »short reads«

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Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
hppa (inoffizielle Portierung)	977,9 kB	2.993,0 kB	[Liste der Dateien]