Package: sga (0.10.14-2) [debports]

[ Source:  ]

De novo-genomsamler som bruger strenggrafer

Hovedformålet med SGA er at være meget hukommelseseffektivt, hvilket opnås ved at bruge en komprimeret repræsentation af DNA-sekvenslæsninger.

SGA er en novo-samler for DNS-sekvenslæsninger. Programmet er baseret på Gene Myers' strenggrafformulation af samling og bruger FM-index/Burrows-Wheeler-transform til effektivt at finde overlapninger mellem sekvenslæsninger.

Other Packages Related to sga

• dep: libbamtools2.4.0

  Package not available

• dep: libc6 (>= 2.23)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc4 (>= 4.1.1)

  Package not available

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  GCC OpenMP-understøttelsesbibliotek (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: python

  Package not available

• dep: python-pysam

  Package not available

• dep: python-ruffus

  Package not available

• dep: samtools

  Forarbejdning af sekvensopstillinger i SAM-, BAM- og CRAM-formater

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

• sug: abyss (>= 1.5.2-2)

  De novo, parallel, sekvensassembler for korte læsninger

Download sga

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
hppa (unofficial port)	977.9 kB	2,993.0 kB	[list of files]