Balík: sga (0.10.14-2) [debports]

[ Zdroj:  ]

de novo genome assembler that uses string graphs

The major goal of SGA is to be very memory efficient, which is achieved by using a compressed representation of DNA sequence reads.

SGA is a de novo assembler for DNA sequence reads. It is based on Gene Myers' string graph formulation of assembly and uses the FM-index/Burrows-Wheeler transform to efficiently find overlaps between sequence reads.

Ostatné balíky súvisiace s balíkom sga

• dep: libbamtools2.4.0

  Balík nie je dostupný

• dep: libc6 (>= 2.23)

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

• dep: libgcc4 (>= 4.1.1)

  Balík nie je dostupný

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  podporná knižnica GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  štandardná knižnica C++ GNU v3

• dep: python

  Balík nie je dostupný

• dep: python-pysam

  Balík nie je dostupný

• dep: python-ruffus

  Balík nie je dostupný

• dep: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  komprimačná knižnica - dynamická verzia

• sug: abyss (>= 1.5.2-2)

  de novo, parallel, sequence assembler for short reads

Stiahnuť sga

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
hppa (neoficiálny port)	977.9 kB	2,993.0 kB	[zoznam súborov]