Paketti: sga (0.10.14-2) [debports]

[ Source:  ]

de novo genome assembler that uses string graphs

The major goal of SGA is to be very memory efficient, which is achieved by using a compressed representation of DNA sequence reads.

SGA is a de novo assembler for DNA sequence reads. It is based on Gene Myers' string graph formulation of assembly and uses the FM-index/Burrows-Wheeler transform to efficiently find overlaps between sequence reads.

Muut pakettiin sga liittyvät paketit

• dep: libbamtools2.4.0

  Paketti ei saatavilla

• dep: libc6 (>= 2.23)

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

• dep: libgcc4 (>= 4.1.1)

  Paketti ei saatavilla

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  GCC OpenMP (GOMP) support library

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU standardi C++ -kirjasto, versio 3

• dep: python

  Paketti ei saatavilla

• dep: python-pysam

  Paketti ei saatavilla

• dep: python-ruffus

  Paketti ei saatavilla

• dep: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  pakkauskirjaston ajonaikaistiedostot

• sug: abyss (>= 1.5.2-2)

  de novo, parallel, sequence assembler for short reads

Imuroi sga

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille

Arkkitehtuuri	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
hppa (epävirallinen siirros)	977.9 kt	2,993.0 kt	[tiedostoluettelo]