Paket: fasta3 (36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde und andere)

[ Quellcode: fasta3  ]

Experimentelles Paket

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tools for searching collections of biological sequences

The FASTA programs find regions of local or global similarity between Protein or DNA sequences, either by searching Protein or DNA databases, or by identifying local duplications within a sequence. Other programs provide information on the statistical significance of an alignment. Like BLAST, FASTA can be used to infer functional and evolutionary relationships between sequences as well as help identify members of gene families.

 * Protein
   - Protein-protein FASTA
   - Protein-protein Smith-Waterman (ssearch)
   - Global Protein-protein (Needleman-Wunsch) (ggsearch)
   - Global/Local protein-protein (glsearch)
   - Protein-protein with unordered peptides (fasts)
   - Protein-protein with mixed peptide sequences (fastf)

 * Nucleotide
   - Nucleotide-Nucleotide (DNA/RNA fasta)
   - Ordered Nucleotides vs Nucleotide (fastm)
   - Un-ordered Nucleotides vs Nucleotide (fasts)

 * Translated
   - Translated DNA (with frameshifts, e.g. ESTs)
     vs Proteins (fastx/fasty)
   - Protein vs Translated DNA (with frameshifts)
     (tfastx/tfasty)
   - Peptides vs Translated DNA (tfasts)

 * Statistical Significance
   - Protein vs Protein shuffle (prss)
   - DNA vs DNA shuffle (prss)
   - Translated DNA vs Protein shuffle (prfx)

 * Local Duplications
   - Local Protein alignments (lalign)
   - Plot Protein alignment "dot-plot" (plalign)
   - Local DNA alignments (lalign)
   - Plot DNA alignment "dot-plot" (plalign)

This software is often used via a web service at the EBI with readily indexed reference databases at http://www.ebi.ac.uk/Tools/fasta/.

Andere Pakete mit Bezug zu fasta3

• dep: libc6 (>= 2.34) [nicht alpha, ia64, sh4]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.36) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• rec: r-base-core

  GNU R - System für statistische Berechnungen und Grafik - Kern

• sug: bedtools

  Hilfswerkzeugsammlung zum Vergleich genomischer Merkmale

• sug: libdbd-mysql-perl

  Perl5-Datenbankschnittstelle zur Datenbank MariaDB/MySQL

• sug: libdbi-perl

  Perl Database Interface (DBI)

• sug: libhtml-tableextract-perl

  Modul zum Entnehmen der Inhalte von HTML-Tabellen

• sug: libjson-perl

  Modul für die Handhabung von Daten im JSON-Format

• sug: liburi-encode-perl

  Perl module to encode and decode strings to URIs

• sug: libwww-perl

  Einfache und konsistente Schnittstelle zum World Wide Web

• sug: libxml-twig-perl

  Perl-Modul für baumartigen Zugriff auf XML-Dateien

• sug: ncbi-blast+

  next generation suite of BLAST sequence search tools

• sug: perl

  Larry Wall's Practical Extraction und Report Language

• sug: python3-mysqldb

  Python-Schnittstelle zu MySQL

fasta3 herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
alpha (inoffizielle Portierung)	36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde	907,5 kB	7.534,0 kB	[Liste der Dateien]
amd64	36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde	902,0 kB	6.970,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde	805,3 kB	6.702,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde	811,0 kB	6.328,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde	775,9 kB	4.992,0 kB	[Liste der Dateien]
hppa (inoffizielle Portierung)	36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde	864,1 kB	6.245,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde	852,7 kB	6.924,0 kB	[Liste der Dateien]
ia64 (inoffizielle Portierung)	36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde	1.074,4 kB	11.899,0 kB	[Liste der Dateien]
m68k (inoffizielle Portierung)	36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde	755,5 kB	5.887,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde	809,2 kB	6.742,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64 (inoffizielle Portierung)	36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde	872,5 kB	7.875,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde	884,6 kB	8.238,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde+b1	1.005,3 kB	5.915,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde	826,3 kB	6.836,0 kB	[Liste der Dateien]
sh4 (inoffizielle Portierung)	36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde	929,0 kB	6.336,0 kB	[Liste der Dateien]
sparc64 (inoffizielle Portierung)	36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde	895,6 kB	18.263,0 kB	[Liste der Dateien]
x32 (inoffizielle Portierung)	36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde	884,5 kB	6.748,0 kB	[Liste der Dateien]