パッケージ: fasta3 (36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde など)
fasta3 に関するリンク
Debian の資源:
fasta3 ソースパッケージをダウンロード:
- [fasta3_36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde.dsc]
- [fasta3_36.3.8i.14-Nov-2020.orig.tar.gz]
- [fasta3_36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde.debian.tar.xz]
メンテナ:
外部の資源:
- ホームページ [fasta.bioch.virginia.edu]
類似のパッケージ:
試験的な (experimental の) パッケージ
警告: このパッケージは experimental ディストリビューションのものです。つまり、おそらく不安定でバグがあり、それどころかデータの損失を起こすかもしれません。使用前には、変更履歴やその他の参照可能なドキュメントを必ず調べてください。
tools for searching collections of biological sequences
The FASTA programs find regions of local or global similarity between Protein or DNA sequences, either by searching Protein or DNA databases, or by identifying local duplications within a sequence. Other programs provide information on the statistical significance of an alignment. Like BLAST, FASTA can be used to infer functional and evolutionary relationships between sequences as well as help identify members of gene families.
* Protein - Protein-protein FASTA - Protein-protein Smith-Waterman (ssearch) - Global Protein-protein (Needleman-Wunsch) (ggsearch) - Global/Local protein-protein (glsearch) - Protein-protein with unordered peptides (fasts) - Protein-protein with mixed peptide sequences (fastf)
* Nucleotide - Nucleotide-Nucleotide (DNA/RNA fasta) - Ordered Nucleotides vs Nucleotide (fastm) - Un-ordered Nucleotides vs Nucleotide (fasts)
* Translated - Translated DNA (with frameshifts, e.g. ESTs) vs Proteins (fastx/fasty) - Protein vs Translated DNA (with frameshifts) (tfastx/tfasty) - Peptides vs Translated DNA (tfasts)
* Statistical Significance - Protein vs Protein shuffle (prss) - DNA vs DNA shuffle (prss) - Translated DNA vs Protein shuffle (prfx)
* Local Duplications - Local Protein alignments (lalign) - Plot Protein alignment "dot-plot" (plalign) - Local DNA alignments (lalign) - Plot DNA alignment "dot-plot" (plalign)
This software is often used via a web service at the EBI with readily indexed reference databases at http://www.ebi.ac.uk/Tools/fasta/.
その他の fasta3 関連パッケージ
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- dep: libc6 (>= 2.34) [alpha, ia64, sh4 以外]
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.36) [sh4]
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- dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb
- dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]
-
- dep: python3
- interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
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- rec: r-base-core
- GNU R core of statistical computation and graphics system
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- sug: bedtools
- suite of utilities for comparing genomic features
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- sug: libdbd-mysql-perl
- Perl5 database interface to the MariaDB/MySQL database
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- sug: libdbi-perl
- Perl Database Interface (DBI)
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- sug: libhtml-tableextract-perl
- module for extracting the content contained in HTML tables
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- sug: libjson-perl
- module for manipulating JSON-formatted data
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- sug: liburi-encode-perl
- Perl module to encode and decode strings to URIs
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- sug: libwww-perl
- world-wide web へのシンプルで一貫性のあるインターフェース
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- sug: libxml-twig-perl
- Perl module for processing huge XML documents in tree mode
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- sug: ncbi-blast+
- next generation suite of BLAST sequence search tools
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- sug: perl
- Larry Wall 作の実用的な抽出とレポート用の言語
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- sug: python3-mysqldb
- Python interface to MySQL
fasta3 のダウンロード
アーキテクチャ | バージョン | パッケージサイズ | インストールサイズ | ファイル |
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alpha (非公式の移植版) | 36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde | 907.5 kB | 7,534.0 kB | [ファイル一覧] |
amd64 | 36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde | 902.0 kB | 6,970.0 kB | [ファイル一覧] |
arm64 | 36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde | 805.3 kB | 6,702.0 kB | [ファイル一覧] |
armel | 36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde | 811.0 kB | 6,328.0 kB | [ファイル一覧] |
armhf | 36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde | 775.9 kB | 4,992.0 kB | [ファイル一覧] |
hppa (非公式の移植版) | 36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde | 864.1 kB | 6,245.0 kB | [ファイル一覧] |
i386 | 36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde | 852.7 kB | 6,924.0 kB | [ファイル一覧] |
ia64 (非公式の移植版) | 36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde | 1,074.4 kB | 11,899.0 kB | [ファイル一覧] |
m68k (非公式の移植版) | 36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde | 755.5 kB | 5,887.0 kB | [ファイル一覧] |
mips64el | 36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde | 809.2 kB | 6,742.0 kB | [ファイル一覧] |
ppc64 (非公式の移植版) | 36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde | 872.5 kB | 7,875.0 kB | [ファイル一覧] |
ppc64el | 36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde | 884.6 kB | 8,238.0 kB | [ファイル一覧] |
riscv64 | 36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde+b1 | 1,005.3 kB | 5,915.0 kB | [ファイル一覧] |
s390x | 36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde | 826.3 kB | 6,836.0 kB | [ファイル一覧] |
sh4 (非公式の移植版) | 36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde | 929.0 kB | 6,336.0 kB | [ファイル一覧] |
sparc64 (非公式の移植版) | 36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde | 895.6 kB | 18,263.0 kB | [ファイル一覧] |
x32 (非公式の移植版) | 36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde | 884.5 kB | 6,748.0 kB | [ファイル一覧] |