パッケージ: fasta3 (36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde など)

fasta3 に関するリンク

Debian の資源:

fasta3 ソースパッケージをダウンロード:

メンテナ:

外部の資源:

ホームページ [fasta.bioch.virginia.edu]

類似のパッケージ:

試験的な (experimental の) パッケージ

警告: このパッケージは experimental ディストリビューションのものです。つまり、おそらく不安定でバグがあり、それどころかデータの損失を起こすかもしれません。使用前には、変更履歴やその他の参照可能なドキュメントを必ず調べてください。

tools for searching collections of biological sequences

The FASTA programs find regions of local or global similarity between Protein or DNA sequences, either by searching Protein or DNA databases, or by identifying local duplications within a sequence. Other programs provide information on the statistical significance of an alignment. Like BLAST, FASTA can be used to infer functional and evolutionary relationships between sequences as well as help identify members of gene families.

 * Protein
   - Protein-protein FASTA
   - Protein-protein Smith-Waterman (ssearch)
   - Global Protein-protein (Needleman-Wunsch) (ggsearch)
   - Global/Local protein-protein (glsearch)
   - Protein-protein with unordered peptides (fasts)
   - Protein-protein with mixed peptide sequences (fastf)

 * Nucleotide
   - Nucleotide-Nucleotide (DNA/RNA fasta)
   - Ordered Nucleotides vs Nucleotide (fastm)
   - Un-ordered Nucleotides vs Nucleotide (fasts)

 * Translated
   - Translated DNA (with frameshifts, e.g. ESTs)
     vs Proteins (fastx/fasty)
   - Protein vs Translated DNA (with frameshifts)
     (tfastx/tfasty)
   - Peptides vs Translated DNA (tfasts)

 * Statistical Significance
   - Protein vs Protein shuffle (prss)
   - DNA vs DNA shuffle (prss)
   - Translated DNA vs Protein shuffle (prfx)

 * Local Duplications
   - Local Protein alignments (lalign)
   - Plot Protein alignment "dot-plot" (plalign)
   - Local DNA alignments (lalign)
   - Plot DNA alignment "dot-plot" (plalign)

This software is often used via a web service at the EBI with readily indexed reference databases at http://www.ebi.ac.uk/Tools/fasta/.

その他の fasta3 関連パッケージ

依存

推奨

提案

enhances

dep: libc6 (>= 2.34) [alpha, ia64, sh4 以外]

GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.36) [sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]
dep: python3

interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

rec: r-base-core

GNU R core of statistical computation and graphics system

sug: bedtools

suite of utilities for comparing genomic features
sug: libdbd-mysql-perl

Perl5 database interface to the MariaDB/MySQL database
sug: libdbi-perl

Perl Database Interface (DBI)
sug: libhtml-tableextract-perl

module for extracting the content contained in HTML tables
sug: libjson-perl

module for manipulating JSON-formatted data
sug: liburi-encode-perl

Perl module to encode and decode strings to URIs
sug: libwww-perl

world-wide web へのシンプルで一貫性のあるインターフェース
sug: libxml-twig-perl

Perl module for processing huge XML documents in tree mode
sug: ncbi-blast+

next generation suite of BLAST sequence search tools
sug: perl

Larry Wall 作の実用的な抽出とレポート用の言語
sug: python3-mysqldb

Python interface to MySQL

fasta3 のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード
アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
alpha (非公式の移植版)	36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde	907.5 kB	7,534.0 kB	[ファイル一覧]
amd64	36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde	902.0 kB	6,970.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde	805.3 kB	6,702.0 kB	[ファイル一覧]
armel	36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde	811.0 kB	6,328.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde	775.9 kB	4,992.0 kB	[ファイル一覧]
hppa (非公式の移植版)	36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde	864.1 kB	6,245.0 kB	[ファイル一覧]
i386	36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde	852.7 kB	6,924.0 kB	[ファイル一覧]
ia64 (非公式の移植版)	36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde	1,074.4 kB	11,899.0 kB	[ファイル一覧]
m68k (非公式の移植版)	36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde	755.5 kB	5,887.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde	809.2 kB	6,742.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64 (非公式の移植版)	36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde	872.5 kB	7,875.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde	884.6 kB	8,238.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde+b1	1,005.3 kB	5,915.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde	826.3 kB	6,836.0 kB	[ファイル一覧]
sh4 (非公式の移植版)	36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde	929.0 kB	6,336.0 kB	[ファイル一覧]
sparc64 (非公式の移植版)	36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde	895.6 kB	18,263.0 kB	[ファイル一覧]
x32 (非公式の移植版)	36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde	884.5 kB	6,748.0 kB	[ファイル一覧]