Pakiet: kallisto (0.46.2+dfsg-2)

[ Pakiet źródłowy: kallisto  ]

near-optimal RNA-Seq quantification

Kallisto is a program for quantifying abundances of transcripts from RNA-Seq data, or more generally of target sequences using high-throughput sequencing reads. It is based on the novel idea of pseudoalignment for rapidly determining the compatibility of reads with targets, without the need for alignment. On benchmarks with standard RNA-Seq data, kallisto can quantify 30 million human reads in less than 3 minutes on a Mac desktop computer using only the read sequences and a transcriptome index that itself takes less than 10 minutes to build. Pseudoalignment of reads preserves the key information needed for quantification, and kallisto is therefore not only fast, but also as accurate than existing quantification tools. In fact, because the pseudoalignment procedure is robust to errors in the reads, in many benchmarks kallisto significantly outperforms existing tools.

Inne pakiety związane z kallisto

• dep: libc6 (>= 2.29)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, s390x]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]

• dep: libhts3 (>= 1.10)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 6)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

Pobieranie kallisto

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	236,4 KiB	706,0 KiB	[lista plików]
arm64	211,4 KiB	626,0 KiB	[lista plików]
armel	203,0 KiB	600,0 KiB	[lista plików]
armhf	210,7 KiB	456,0 KiB	[lista plików]
i386	256,5 KiB	740,0 KiB	[lista plików]
mips64el	211,9 KiB	774,0 KiB	[lista plików]
mipsel	218,3 KiB	758,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	237,3 KiB	786,0 KiB	[lista plików]
s390x	215,3 KiB	714,0 KiB	[lista plików]