Pakiet: kallisto (0.48.0+dfsg-4 i inne)

[ Pakiet źródłowy: kallisto  ]

near-optimal RNA-Seq quantification

Kallisto is a program for quantifying abundances of transcripts from RNA-Seq data, or more generally of target sequences using high-throughput sequencing reads. It is based on the novel idea of pseudoalignment for rapidly determining the compatibility of reads with targets, without the need for alignment. On benchmarks with standard RNA-Seq data, kallisto can quantify 30 million human reads in less than 3 minutes on a Mac desktop computer using only the read sequences and a transcriptome index that itself takes less than 10 minutes to build. Pseudoalignment of reads preserves the key information needed for quantification, and kallisto is therefore not only fast, but also as accurate than existing quantification tools. In fact, because the pseudoalignment procedure is robust to errors in the reads, in many benchmarks kallisto significantly outperforms existing tools.

Inne pakiety związane z kallisto

• dep: libc6 (>= 2.34) [nie arm64]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nie ppc64el, riscv64]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64el]

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

Pobieranie kallisto

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	0.48.0+dfsg-4+b1	279,7 KiB	805,0 KiB	[lista plików]
arm64	0.48.0+dfsg-4+b2	250,3 KiB	789,0 KiB	[lista plików]
mips64el	0.48.0+dfsg-4+b3	239,4 KiB	883,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	0.48.0+dfsg-4+b1	284,1 KiB	917,0 KiB	[lista plików]
riscv64	0.48.0+dfsg-4+b2	270,6 KiB	625,0 KiB	[lista plików]
s390x	0.48.0+dfsg-4+b1	280,6 KiB	833,0 KiB	[lista plików]