Package: augustus (3.3.2+dfsg-2)

[ Source: augustus  ]

진핵생물 게놈의 유전자 예측

AUGUSTUS는 서열과 그 유전자 구조의 확율 모델인, 일반화된 은닉 마르코프 모델 (HMM)을 기반으로 하는 진핵생물 게놈 서열의 유전자 예측용 소프트웨어입니다. AUGUSTUS는 참조 주석에서 유전자 구조를 학습한후, HMM을 사용해서 새로운 서열에 유전자를 인식하고 식별된 유전자 영역에 주석을 답니다. RNA 서열, EST 또는 단백질 정렬 같은, 외부 힌트를 통해 유전자 발견 과정을 안내하고 개선하는데 사용할 수 있습니다. 해당 유전자가 존재하는 경우, 결과는 주어진 모든 사용자 제약 조건을 준수하는 가장 가능성 높은 유전자 구조 세트입니다. AUGUSTUS는 많은 종에 대해 사전 구축된 HMM은 물론 주석 달린 게놈을 사용해서 맞춤형 모델을 훈련하는 스크립트도 포함합니다.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c++, interface::commandline, Role: Program, Science: science::calculation, scope::utility, Interface Toolkit: Ncurses TUI, Purpose: use::analysing, works-with::biological-sequence

Other Packages Related to augustus

• dep: augustus-data

  data files for AUGUSTUS

• dep: libbamtools2.5.1

  dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files

• dep: libbz2-1.0

  고성능 블럭 소팅 파일 압축 라이브러리 - 런타임

• dep: libc6 (>= 2.15)

  GNU C 라이브러리: 공유 라이브러리
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libcurl3-nss (>= 7.23.1)

  easy-to-use client-side URL transfer library (NSS flavour)

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0)

  GCC 기능 지원 라이브러리

• dep: libhts2 (>= 1.0)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: liblzma5 (>= 5.1.1alpha+20110809)

  XZ 형식 압축 라이브러리

• dep: libncurses6 (>= 6)

  터미널 처리 공유 라이브러리

• dep: libssl1.1 (>= 1.1.0)

  Secure Sockets Layer 툴킷 - 공유 라이브러리

• dep: libstdc++6 (>= 6)

  GNU 표준 C++ 라이브러리 v3

• dep: libtinfo6 (>= 6)

  터미널 조작을 위한 저수준의 terminfo 공유 라이브러리

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  압축 라이브러리 - 런타임

Download augustus

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	1,134.7 kB	4,787.0 kB	[list of files]