Paquet : augustus (3.3.2+dfsg-2)

[ Paquet source : augustus  ]

prédiction de gènes dans les génomes eucaryotes

AUGUSTUS est un logiciel de prédiction de gènes dans les séquences génomiques eucaryotes basé sur un modèle de Markov caché généralisé (HMM), un modèle probabiliste de séquence et sa structure de gène. Après l'apprentissage de structures de gènes à partir d'une annotation de référence, AUGUSTUS utilise le HMM pour reconnaître les gènes dans une nouvelle séquence et l'annote avec les régions des gènes identifiés. Des indices externes, par exemple depuis des séquences d'ARN, des EST ou des alignements de protéines, etc., peuvent être utilisés pour guider et améliorer le processus de découverte de gène. Le résultat est l'ensemble des structures de gènes les plus probables qui respectent toutes les contraintes utilisateurs, si de telles structures de gènes existent. AUGUSTUS comprend déjà des HMM préconstruits pour de nombreuses espèces, ainsi que des scripts d'entraînement de modèles personnalisés grâce à des génomes annotés.

Étiquettes: Domaine: Biologie, Bio-informatique, Mis en œuvre en: implemented-in::c++, interface::commandline, Rôle: Programme, Sciences: science::calculation, scope::utility, Boîte à outils d'interface utilisateur: Interface utilisateur texte ncurses, But: use::analysing, works-with::biological-sequence

Autres paquets associés à augustus

• dep: augustus-data

  fichiers de données pour AUGUSTUS

• dep: libbamtools2.5.1

  bibliothèque dynamique de manipulation de fichiers BAM (alignement de génomes)

• dep: libbz2-1.0

  Bibliothèque de compression de fichiers (tri de block haute qualité)

• dep: libc6 (>= 2.15)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libcurl3-nss (>= 7.23.1)

  bibliothèque de transfert par URL côté client et simple d'utilisation –⋅version NSS

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libhts2 (>= 1.0)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: liblzma5 (>= 5.1.1alpha+20110809)

  librairie de compression au format XZ

• dep: libncurses6 (>= 6)

  Bibliothèques partagées pour l'utilisation d'un terminal

• dep: libssl1.1 (>= 1.1.0)

  trousse à outils SSL - bibliothèques partagées

• dep: libstdc++6 (>= 6)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: libtinfo6 (>= 6)

  bibliothèque partagée terminfo de bas niveau pour manipuler le terminal

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  Bibliothèque de compression - binaires

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	1 134,7 ko	4 787,0 ko	[liste des fichiers]