Balík: augustus (3.3.2+dfsg-2)

[ Zdroj: augustus  ]

gene prediction in eukaryotic genomes

AUGUSTUS is a software for gene prediction in eukaryotic genomic sequences that is based on a generalized hidden Markov model (HMM), a probabilistic model of a sequence and its gene structure. After learning gene structures from a reference annotation, AUGUSTUS uses the HMM to recognize genes in a new sequence and annotates it with the regions of identified genes. External hints, e.g. from RNA sequencing, EST or protein alignments etc. can be used to guide and improve the gene finding process. The result is the set of most likely gene structures that comply with all given user constraints, if such gene structures exist. AUGUSTUS already includes prebuilt HMMs for many species, as well as scripts to train custom models using annotated genomes.

Značky: Pole: Biológia, Bioinformatika, Implementované v: implemented-in::c++, interface::commandline, Role: Program, Veda: science::calculation, scope::utility, Sada nástrojov používateľského rozhrania: Ncurses TUI, Purpose: use::analysing, works-with::biological-sequence

Ostatné balíky súvisiace s balíkom augustus

• dep: augustus-data

  data files for AUGUSTUS

• dep: libbamtools2.5.1

  dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files

• dep: libbz2-1.0

  kvalitná knižnica na komprimáciu súborov s triedením blokov - dynamická knižnica

• dep: libc6 (>= 2.15)

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

• dep: libcurl3-nss (>= 7.23.1)

  jednoducho použiteľná klientská knižnica na prenos URL - verzia NSS

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0)

  podporná knižnica GCC

• dep: libhts2 (>= 1.0)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: liblzma5 (>= 5.1.1alpha+20110809)

  komprimačná knižnica formátu XZ

• dep: libncurses6 (>= 6)

  zdieľané knižnice na obsluhu terminálu

• dep: libssl1.1 (>= 1.1.0)

  sada nástrojov SSL (Secure Sockets Layer) - zdieľné knižnice

• dep: libstdc++6 (>= 6)

  štandardná knižnica C++ GNU v3

• dep: libtinfo6 (>= 6)

  zdieľaná nízkoúrovňová knižnica terminfo na obsluhu terminálu

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  komprimačná knižnica - dynamická verzia

Stiahnuť augustus

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
amd64	1,134.7 kB	4,787.0 kB	[zoznam súborov]