Пакет: augustus (3.3.2+dfsg-2)

[ Источник: augustus  ]

gene prediction in eukaryotic genomes

AUGUSTUS is a software for gene prediction in eukaryotic genomic sequences that is based on a generalized hidden Markov model (HMM), a probabilistic model of a sequence and its gene structure. After learning gene structures from a reference annotation, AUGUSTUS uses the HMM to recognize genes in a new sequence and annotates it with the regions of identified genes. External hints, e.g. from RNA sequencing, EST or protein alignments etc. can be used to guide and improve the gene finding process. The result is the set of most likely gene structures that comply with all given user constraints, if such gene structures exist. AUGUSTUS already includes prebuilt HMMs for many species, as well as scripts to train custom models using annotated genomes.

Теги: Область: Биология, Биоинформатика, Реализовано на: implemented-in::c++, interface::commandline, Роль: Программа, Наука: science::calculation, scope::utility, Инструментарий интерфейса: Ncurses TUI, Цель: use::analysing, works-with::biological-sequence

Другие пакеты, относящиеся к augustus

• dep: augustus-data

  data files for AUGUSTUS

• dep: libbamtools2.5.1

  dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files

• dep: libbz2-1.0

  библиотека сжатия по алгоритму Барроуза—Уилера (динамическая версия)

• dep: libc6 (>= 2.15)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

• dep: libcurl3-nss (>= 7.23.1)

  easy-to-use client-side URL transfer library (NSS flavour)

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0)

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libhts2 (>= 1.0)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: liblzma5 (>= 5.1.1alpha+20110809)

  библиотека для работы с архивами в формате XZ

• dep: libncurses6 (>= 6)

  разделяемые библиотеки для управления терминалом

• dep: libssl1.1 (>= 1.1.0)

  инструментарий Secure Sockets Layer — разделяемые библиотеки

• dep: libstdc++6 (>= 6)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• dep: libtinfo6 (>= 6)

  низкоуровневая библиотека для работы с терминалом

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  библиотека сжатия

Загрузка augustus

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	1 134,7 Кб	4 787,0 Кб	[список файлов]