Paket: augustus (3.3.2+dfsg-2)

[ Quellcode: augustus  ]

gene prediction in eukaryotic genomes

AUGUSTUS is a software for gene prediction in eukaryotic genomic sequences that is based on a generalized hidden Markov model (HMM), a probabilistic model of a sequence and its gene structure. After learning gene structures from a reference annotation, AUGUSTUS uses the HMM to recognize genes in a new sequence and annotates it with the regions of identified genes. External hints, e.g. from RNA sequencing, EST or protein alignments etc. can be used to guide and improve the gene finding process. The result is the set of most likely gene structures that comply with all given user constraints, if such gene structures exist. AUGUSTUS already includes prebuilt HMMs for many species, as well as scripts to train custom models using annotated genomes.

Markierungen: Feld: Biologie, Bioinformatik, Implementiert in: implemented-in::c++, interface::commandline, Rolle: Programm, Wissenschaft: science::calculation, scope::utility, GUI-Baukasten: Ncurses TUI, Zweck: use::analysing, works-with::biological-sequence

Andere Pakete mit Bezug zu augustus

• dep: augustus-data

  data files for AUGUSTUS

• dep: libbamtools2.5.1

  dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files

• dep: libbz2-1.0

  Hochwertiger, Blöcke sortierender Dateikomprimierer - Laufzeitbibliothek

• dep: libc6 (>= 2.15)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: libcurl3-nss (>= 7.23.1)

  Einfach nutzbare Client-Bibliothek für URL-Übertragungen (NSS-Variante)

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0)

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libhts2 (>= 1.0)

  C-Bibliothek für Hochdurchsatz-Sequenzierungsdatenformate

• dep: liblzma5 (>= 5.1.1alpha+20110809)

  Bibliothek für das XZ-Kompressionsformat

• dep: libncurses6 (>= 6)

  Laufzeitbibliotheken zur Terminalsteuerung

• dep: libssl1.1 (>= 1.1.0)

  Werkzeugsatz für das Secure Socket Layer (SSL) - Laufzeitbibliotheken

• dep: libstdc++6 (>= 6)

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

• dep: libtinfo6 (>= 6)

  Systemnahe terminfo-Laufzeitbibliothek für die Terminalsteuerung

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

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