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パッケージ: velvet (1.2.10+dfsg1-9 など)

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非常に短いリード用塩基配列アセンブラ

Velvet は de novo ゲノムアセンブラであり、短いリードの塩基配列決定技術、た とえば Solexa や 454 などのために特別に設計されています。イギリスのケンブ リッジの近くにあるヨーロッパバイオインフォマティクス研究所 (EMBL-EBI) の Daniel Zerbino と Ewan Birney によって開発されました。

Velvet は現在のところ、短いリードの配列を取り込み、エラーを取り除いてから品 質の高い相互に異なるコンティグを生成します。そして、もし利用可能なら、ペア になっているリードの情報を用いて、コンティグ間のリピート領域を回収します。

タグ: 分野: 生物学, バイオインフォマティクス, 実装言語: implemented-in::c, interface::commandline, 役割: プログラム, 目的: 解析

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アーキテクチャ バージョン パッケージサイズ インストールサイズ ファイル
alpha (非公式の移植版) 1.2.10+dfsg1-9 690.5 kB1,718.0 kB [ファイル一覧]
amd64 1.2.10+dfsg1-9 662.2 kB1,276.0 kB [ファイル一覧]
arm64 1.2.10+dfsg1-9 642.6 kB1,399.0 kB [ファイル一覧]
armel 1.2.10+dfsg1-9 659.7 kB1,364.0 kB [ファイル一覧]
armhf 1.2.10+dfsg1-9 643.7 kB1,052.0 kB [ファイル一覧]
hppa (非公式の移植版) 1.2.10+dfsg1-9 694.3 kB1,473.0 kB [ファイル一覧]
i386 1.2.10+dfsg1-9 688.9 kB1,466.0 kB [ファイル一覧]
ia64 (非公式の移植版) 1.2.10+dfsg1-8 775.3 kB2,661.0 kB [ファイル一覧]
m68k (非公式の移植版) 1.2.10+dfsg1-9 610.8 kB1,217.0 kB [ファイル一覧]
mips64el 1.2.10+dfsg1-9 658.0 kB1,511.0 kB [ファイル一覧]
ppc64 (非公式の移植版) 1.2.10+dfsg1-9 666.5 kB1,596.0 kB [ファイル一覧]
ppc64el 1.2.10+dfsg1-9 669.4 kB1,590.0 kB [ファイル一覧]
riscv64 1.2.10+dfsg1-9 700.9 kB1,332.0 kB [ファイル一覧]
s390x 1.2.10+dfsg1-9 662.4 kB1,337.0 kB [ファイル一覧]
sh4 (非公式の移植版) 1.2.10+dfsg1-9 662.4 kB1,457.0 kB [ファイル一覧]
sparc64 (非公式の移植版) 1.2.10+dfsg1-9 664.7 kB4,671.0 kB [ファイル一覧]
x32 (非公式の移植版) 1.2.10+dfsg1-9 661.8 kB1,253.0 kB [ファイル一覧]