Paket: velvet (1.2.10+dfsg1-9 und andere)

Links für velvet

Debian-Ressourcen:

Quellcode-Paket velvet herunterladen:

Betreuer:

Externe Ressourcen:

Homepage [github.com]

Assembler für Sequenzen von Nukleinsäuren von sehr kleinen Bruchstücken (»short reads«)

Velvet ist ein genomischer De-Novo-Assembler, der speziell für Short-Read-Sequenziertechnologien, wie Solexa oder 454, erstellt wurde. Entwickelt wurde der Assembler von Daniel Zerbino und Ewan Birney am European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), nahe Cambridge, im Vereinigten Königreich.

Derzeit liest Velvet Short-Read-Sequenzen ein, entfernt Fehler und erstellt hochqualitative einzigartige Contigs. Danach werden, falls vorhanden, Paired-Read-Informationen verwendet, um die repetitiven Bereiche zwischen Contigs zu erhalten.

Markierungen: Feld: Biologie, Bioinformatik, Implementiert in: implemented-in::c, interface::commandline, Rolle: Programm, Zweck: Analyse

Andere Pakete mit Bezug zu velvet

hängt ab von

empfiehlt

schlägt vor

erweitert

dep: libc6 (>= 2.34) [nicht alpha, ia64, sh4]

GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.39) [sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]
dep: libgomp1 (>= 4.9)

Unterstützungsbibliothek für GCC OpenMP (GOMP)
dep: zlib1g (>= 1:1.2.0.2) [nicht armel, armhf, hppa, m68k, sh4]

Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.4) [armel, armhf, hppa, m68k, sh4]

sug: velvet-example

Example data for the Velvet sequence assembler

velvet herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen
Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
alpha (inoffizielle Portierung)	1.2.10+dfsg1-9	690,5 kB	1.718,0 kB	[Liste der Dateien]
amd64	1.2.10+dfsg1-9	662,2 kB	1.276,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	1.2.10+dfsg1-9	642,6 kB	1.399,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	1.2.10+dfsg1-9	659,7 kB	1.364,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	1.2.10+dfsg1-9	643,7 kB	1.052,0 kB	[Liste der Dateien]
hppa (inoffizielle Portierung)	1.2.10+dfsg1-9	694,3 kB	1.473,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	1.2.10+dfsg1-9	688,9 kB	1.466,0 kB	[Liste der Dateien]
ia64 (inoffizielle Portierung)	1.2.10+dfsg1-8	775,3 kB	2.661,0 kB	[Liste der Dateien]
m68k (inoffizielle Portierung)	1.2.10+dfsg1-9	610,8 kB	1.217,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	1.2.10+dfsg1-9	658,0 kB	1.511,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64 (inoffizielle Portierung)	1.2.10+dfsg1-9	666,5 kB	1.596,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	1.2.10+dfsg1-9	669,4 kB	1.590,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	1.2.10+dfsg1-9	700,9 kB	1.332,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	1.2.10+dfsg1-9	662,4 kB	1.337,0 kB	[Liste der Dateien]
sh4 (inoffizielle Portierung)	1.2.10+dfsg1-9	662,4 kB	1.457,0 kB	[Liste der Dateien]
sparc64 (inoffizielle Portierung)	1.2.10+dfsg1-9	664,7 kB	4.671,0 kB	[Liste der Dateien]
x32 (inoffizielle Portierung)	1.2.10+dfsg1-9	661,8 kB	1.253,0 kB	[Liste der Dateien]