[ ソース: velvet ]
パッケージ: velvet (1.2.10+dfsg1-8)
非常に短いリード用塩基配列アセンブラ
Velvet は de novo ゲノムアセンブラであり、短いリードの塩基配列決定技術、た とえば Solexa や 454 などのために特別に設計されています。イギリスのケンブ リッジの近くにあるヨーロッパバイオインフォマティクス研究所 (EMBL-EBI) の Daniel Zerbino と Ewan Birney によって開発されました。
Velvet は現在のところ、短いリードの配列を取り込み、エラーを取り除いてから品 質の高い相互に異なるコンティグを生成します。そして、もし利用可能なら、ペア になっているリードの情報を用いて、コンティグ間のリピート領域を回収します。
その他の velvet 関連パッケージ
|
|
|
|
-
- dep: libc6 (>= 2.34)
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
-
- dep: libgomp1 (>= 4.9)
- GCC OpenMP (GOMP) サポートライブラリ
-
- dep: zlib1g (>= 1:1.2.0.2)
- 圧縮ライブラリ - ランタイム
-
- sug: velvet-example
- Example data for the Velvet sequence assembler
velvet のダウンロード
| アーキテクチャ | パッケージサイズ | インストールサイズ | ファイル |
|---|---|---|---|
| amd64 | 658.0 kB | 1,256.0 kB | [ファイル一覧] |
| arm64 | 637.2 kB | 1,333.0 kB | [ファイル一覧] |
| armel | 655.1 kB | 1,459.0 kB | [ファイル一覧] |
| armhf | 638.3 kB | 1,075.0 kB | [ファイル一覧] |
| i386 | 685.9 kB | 1,453.0 kB | [ファイル一覧] |
| mips64el | 654.7 kB | 1,511.0 kB | [ファイル一覧] |
| mipsel | 675.5 kB | 1,632.0 kB | [ファイル一覧] |
| ppc64el | 667.2 kB | 1,589.0 kB | [ファイル一覧] |
| s390x | 642.5 kB | 1,301.0 kB | [ファイル一覧] |