[ ソース: velvet ]
パッケージ: velvet (1.2.10+dfsg1-9)
非常に短いリード用塩基配列アセンブラ
Velvet は de novo ゲノムアセンブラであり、短いリードの塩基配列決定技術、た とえば Solexa や 454 などのために特別に設計されています。イギリスのケンブ リッジの近くにあるヨーロッパバイオインフォマティクス研究所 (EMBL-EBI) の Daniel Zerbino と Ewan Birney によって開発されました。
Velvet は現在のところ、短いリードの配列を取り込み、エラーを取り除いてから品 質の高い相互に異なるコンティグを生成します。そして、もし利用可能なら、ペア になっているリードの情報を用いて、コンティグ間のリピート領域を回収します。
その他の velvet 関連パッケージ
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- dep: libc6 (>= 2.34)
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
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- dep: libgomp1 (>= 4.9)
- GCC OpenMP (GOMP) サポートライブラリ
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- dep: zlib1g (>= 1:1.2.0.2) [armel, armhf 以外]
- 圧縮ライブラリ - ランタイム
- dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.4) [armel, armhf]
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- sug: velvet-example
- Example data for the Velvet sequence assembler
velvet のダウンロード
| アーキテクチャ | パッケージサイズ | インストールサイズ | ファイル |
|---|---|---|---|
| amd64 | 662.2 kB | 1,276.0 kB | [ファイル一覧] |
| arm64 | 642.6 kB | 1,399.0 kB | [ファイル一覧] |
| armel | 659.7 kB | 1,364.0 kB | [ファイル一覧] |
| armhf | 643.7 kB | 1,052.0 kB | [ファイル一覧] |
| i386 | 688.9 kB | 1,466.0 kB | [ファイル一覧] |
| mips64el | 658.0 kB | 1,511.0 kB | [ファイル一覧] |
| ppc64el | 669.4 kB | 1,590.0 kB | [ファイル一覧] |
| riscv64 | 700.9 kB | 1,332.0 kB | [ファイル一覧] |
| s390x | 662.4 kB | 1,337.0 kB | [ファイル一覧] |