Package: concavity (0.1+dfsg.1-6)

[ Source: concavity  ]

predizione dei siti di legame di proteine con ligandi da struttura e conservazione

ConCavity predice i siti di legame delle proteine con ligandi combinando conservazione evolutiva della sequenza e struttura 3D.

ConCavity accetta come input la struttura di una proteina in formato PDB e opzionalmente file che caratterizzano la conservazione evolutiva della sequenza delle catene nel file di struttura.

I seguenti file di risultato sono prodotti in maniera predefinita:

 * predizioni dei residui di legame con ligandi per ciascuna catena
   (*.scores);
 * predizioni dei residui di legame con ligandi in un file in formato PDB
   (punteggi dei residui inseriti nel campo del fattore temp.,
   *_residue.pdb);
 * predizioni delle posizioni delle tasche in un file in formato DX (*.dx);
 * script PyMOL per visualizzare le predizioni (*.pml).

Other Packages Related to concavity

• dep: libc6 (>= 2.38)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf]

  libreria di supporto a GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libstdc++6 (>= 5)

  libreria GNU Standard C++, versione 3

• sug: conservation-code

  strumento per punteggio di conservazione per le sequenze di proteine

• sug: pymol

  sistema di grafica per molecole

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Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	238.3 kB	967.0 kB	[list of files]
arm64	229.2 kB	1,000.0 kB	[list of files]
armel	223.8 kB	939.0 kB	[list of files]
armhf	216.8 kB	815.0 kB	[list of files]
i386	249.8 kB	1,006.0 kB	[list of files]
mips64el	254.4 kB	1,179.0 kB	[list of files]
ppc64el	251.4 kB	1,128.0 kB	[list of files]
riscv64	243.8 kB	883.0 kB	[list of files]
s390x	240.8 kB	979.0 kB	[list of files]