Paket: concavity (0.1+dfsg.1-6)

[ Källkod: concavity  ]

predictor of protein ligand binding sites from structure and conservation

ConCavity predicts protein ligand binding sites by combining evolutionary sequence conservation and 3D structure.

ConCavity takes as input a PDB format protein structure and optionally files that characterize the evolutionary sequence conservation of the chains in the structure file.

The following result files are produced by default:

 * Residue ligand binding predictions for each chain (*.scores).
 * Residue ligand binding predictions in a PDB format file (residue
   scores placed in the temp. factor field, *_residue.pdb).
 * Pocket prediction locations in a DX format file (*.dx).
 * PyMOL script to visualize the predictions (*.pml).

Andra paket besläktade med concavity

• dep: libc6 (>= 2.38)

  GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [ej armel, armhf]

  GCC stödbibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libstdc++6 (>= 5)

  GNU standardbibliotek v3 för C++

• sug: conservation-code

  protein sequence conservation scoring tool

• sug: pymol

  Molecular Graphics System

Hämta concavity

Hämtningar för alla tillgängliga arkitekturer

Arkitektur	Paketstorlek	Installerad storlek	Filer
amd64	238,3 kbyte	967,0 kbyte	[filförteckning]
arm64	229,2 kbyte	1.000,0 kbyte	[filförteckning]
armel	223,8 kbyte	939,0 kbyte	[filförteckning]
armhf	216,8 kbyte	815,0 kbyte	[filförteckning]
i386	249,8 kbyte	1.006,0 kbyte	[filförteckning]
mips64el	254,4 kbyte	1.179,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64el	251,4 kbyte	1.128,0 kbyte	[filförteckning]
riscv64	243,8 kbyte	883,0 kbyte	[filförteckning]
s390x	240,8 kbyte	979,0 kbyte	[filförteckning]