Package: concavity (0.1+dfsg.1-6 and others)

[ Source: concavity  ]

predizione dei siti di legame di proteine con ligandi da struttura e conservazione

ConCavity predice i siti di legame delle proteine con ligandi combinando conservazione evolutiva della sequenza e struttura 3D.

ConCavity accetta come input la struttura di una proteina in formato PDB e opzionalmente file che caratterizzano la conservazione evolutiva della sequenza delle catene nel file di struttura.

I seguenti file di risultato sono prodotti in maniera predefinita:

 * predizioni dei residui di legame con ligandi per ciascuna catena
   (*.scores);
 * predizioni dei residui di legame con ligandi in un file in formato PDB
   (punteggi dei residui inseriti nel campo del fattore temp.,
   *_residue.pdb);
 * predizioni delle posizioni delle tasche in un file in formato DX (*.dx);
 * script PyMOL per visualizzare le predizioni (*.pml).

Other Packages Related to concavity

• dep: libc6 (>= 2.38) [not alpha, ia64, sh4]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf, hppa, ia64, m68k, sh4]

  libreria di supporto a GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.3.4) [sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  libreria di supporto a GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  libreria di supporto a GCC

• dep: libstdc++6 (>= 5)

  libreria GNU Standard C++, versione 3

• dep: libunwind8 [ia64]

  libreria per tracciare la catena di chiamate di un programma - runtime

• sug: conservation-code

  strumento per punteggio di conservazione per le sequenze di proteine

• sug: pymol

  sistema di grafica per molecole

Download concavity

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	0.1+dfsg.1-6	228.7 kB	1,064.0 kB	[list of files]
amd64	0.1+dfsg.1-6	238.3 kB	967.0 kB	[list of files]
arm64	0.1+dfsg.1-6	229.2 kB	1,000.0 kB	[list of files]
armel	0.1+dfsg.1-6	223.8 kB	939.0 kB	[list of files]
armhf	0.1+dfsg.1-6	216.8 kB	815.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	0.1+dfsg.1-6	233.7 kB	963.0 kB	[list of files]
i386	0.1+dfsg.1-6	249.8 kB	1,006.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	0.1+dfsg.1-5	266.8 kB	1,406.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	0.1+dfsg.1-6	232.2 kB	966.0 kB	[list of files]
mips64el	0.1+dfsg.1-6	254.4 kB	1,179.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	0.1+dfsg.1-6	250.6 kB	1,192.0 kB	[list of files]
ppc64el	0.1+dfsg.1-6	251.4 kB	1,128.0 kB	[list of files]
riscv64	0.1+dfsg.1-6	243.8 kB	883.0 kB	[list of files]
s390x	0.1+dfsg.1-6	240.8 kB	979.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	0.1+dfsg.1-6	274.1 kB	999.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	0.1+dfsg.1-6	215.8 kB	1,577.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	0.1+dfsg.1-6	239.1 kB	946.0 kB	[list of files]