パッケージ: concavity (0.1+dfsg.1-6)

[ ソース: concavity  ]

predictor of protein ligand binding sites from structure and conservation

ConCavity predicts protein ligand binding sites by combining evolutionary sequence conservation and 3D structure.

ConCavity takes as input a PDB format protein structure and optionally files that characterize the evolutionary sequence conservation of the chains in the structure file.

The following result files are produced by default:

 * Residue ligand binding predictions for each chain (*.scores).
 * Residue ligand binding predictions in a PDB format file (residue
   scores placed in the temp. factor field, *_residue.pdb).
 * Pocket prediction locations in a DX format file (*.dx).
 * PyMOL script to visualize the predictions (*.pml).

その他の concavity 関連パッケージ

• dep: libc6 (>= 2.38)

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [armel, armhf 以外]

  GCC 共有ライブラリ

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libstdc++6 (>= 5)

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

• sug: conservation-code

  protein sequence conservation scoring tool

• sug: pymol

  パッケージは利用できません

concavity のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	238.3 kB	967.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	229.2 kB	1,000.0 kB	[ファイル一覧]
armel	223.8 kB	939.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	216.8 kB	815.0 kB	[ファイル一覧]
i386	249.8 kB	1,006.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	254.4 kB	1,179.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	251.4 kB	1,128.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	243.8 kB	883.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	240.8 kB	979.0 kB	[ファイル一覧]