Package: minia (3.2.6-4 and others)

[ Source: minia  ]

assemblatore di sequenze biologiche a letture corte

Fino all'anno 2020 ciò che veniva chiamato sequenziamento di DNA di prossima generazione ("next-generation") produceva solo letture "corte", fino a ~600 paia basi in lunghezza, che poi dovevano essere unite come un puzzle, mediante sovrapposizioni casuali nella loro sequenza, fino ad un genoma completo. Questo è l'assemblamento di un genoma. Ci sono molti tranelli biologici in lunghi tratti di regioni a bassa complessità e variazioni nel numero di copie e altri tipi di ridondanze che lo rendono difficile.

Questo pacchetto contiene un assemblatore di sequenze di DNA a letture corte basato su un grafo di de Bruijn, capace di assemblare un genoma umano su un computer desktop in un giorno.

L'output di Minia è un insieme di contig, cioè tratti di sovrapposizioni lineari di letture corte privi di gap. Nel migliore caso possibile è un intero cromosoma.

Minia produce risultati con contiguità e accuratezza simili ad altri assemblatori di de Bruijn (es. Velvet).

Other Packages Related to minia

• dep: bc

  linguaggio di calcolo a precisione arbitraria GNU bc

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  Libreria C GNU: librerie condivise
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  dep: libc6 (>= 2.34) [not alpha, ia64, loong64, m68k, sh4]

  dep: libc6 (>= 2.4) [m68k]

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

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  libreria dinamica del toolbox di analisi genomica

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  libreria di supporto a GCC

• dep: libgcc1 (>= 1:4.2) [sh4]

  Package not available

• dep: libgcc2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Package not available

• dep: libhdf5-103-1 [hppa]

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• dep: libhdf5-103-1t64 [ia64]

  file runtime C di HDF5 - versione seriale

• dep: libhdf5-310 (>= 1.14.3) [not hppa, ia64, m68k, sh4]

  file runtime C di HDF5 - versione seriale

• dep: libstdc++6 (>= 11) [hppa]

  libreria GNU Standard C++, versione 3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [not hppa, m68k, sh4]

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [m68k, sh4]

• dep: libunwind8 [ia64]

  libreria per tracciare la catena di chiamate di un programma - runtime

• dep: zlib1g [not m68k, sh4]

  libreria di compressione - runtime

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.4) [m68k, sh4]

• rec: samtools

  elaborazioni di allineamenti di sequenze nei formati SAM, BAM e CRAM

• sug: bandage

  applicazione bioinformatica per navigare facilmente grafi di assemblati de novo

Download minia

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	3.2.6-4+b2	389.8 kB	827.0 kB	[list of files]
amd64	3.2.6-4+b3	395.5 kB	753.0 kB	[list of files]
arm64	3.2.6-4+b4	385.8 kB	825.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	3.2.6-2	400.6 kB	744.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	3.2.6-4+b1	400.4 kB	941.0 kB	[list of files]
loong64 (unofficial port)	3.2.6-4+b2	386.5 kB	825.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	1.6906-2	173.6 kB	298.0 kB	[list of files]
mips64el	3.2.6-4+b2	386.6 kB	844.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	3.2.6-4+b2	391.5 kB	825.0 kB	[list of files]
ppc64el	3.2.6-4+b2	394.3 kB	825.0 kB	[list of files]
riscv64	3.2.6-4+b3	389.6 kB	677.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	1.6906-2	192.8 kB	291.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	3.2.6-4+b2	379.5 kB	2,431.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	3.2.6-4+b2	394.9 kB	711.0 kB	[list of files]