Package: minia (3.2.6-4 and others)

[ Source: minia  ]

Kort-læst biologisk sekvensamler

Hvad der blev omtalt som »næste-generations« DNA-sekventering op til året 2020 leverede kun »korte« læsninger op til ~600 basepar i længden, der så skulle samles over tilfældige overlapninger i deres sekvens mod et komplet genom. Dette er genomsamlingen. Og der er mange biologiske faldgruber på lange strækninger af regioner med lav kompleksitet og variationer i kopital og andre slags redundans, der gør dette vanskeligt.

Denne pakke tilbyder en kort-læst DNA-sekvenssamler baseret på en de Bruijn-graf, der kan samle et menneskegenom på en skrivebordscomputer på en dag.

Resultatet af Minia er et sæt af contig'er, dvs. strækninger af hulfrie og lineære overlapninger af korte læsninger. I bedst mulige tilfælde er dette et helt kromosom.

Minia fremstiller resultater med tilsvarende sammenhæng og præcision som andre de Bruijn-samlere (f.eks. Velvet).

Other Packages Related to minia

• dep: bc

  GNU bc beregningssprog med arbitrær præcision

• dep: libc6 (>= 2.24) [sh4]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.34) [not alpha, ia64, loong64, m68k, sh4]

  dep: libc6 (>= 2.4) [m68k]

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgatbcore3 (>= 1.4.2) [amd64]

  Dynamisk bibliotek for Genome Analysis Toolbox

  dep: libgatbcore3 (>= 1.4.2+dfsg) [not amd64, m68k, sh4]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not hppa, ia64, m68k, sh4]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC støttebibliotek

• dep: libgcc1 (>= 1:4.2) [sh4]

  Package not available

• dep: libgcc2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Package not available

• dep: libhdf5-103-1 [hppa]

  HDF5 C-kørselstidsfiler - seriel version

• dep: libhdf5-103-1t64 [ia64]

  HDF5 C-kørselstidsfiler - seriel version

• dep: libhdf5-310 (>= 1.14.3) [not hppa, ia64, m68k, sh4]

  HDF5 C-kørselstidsfiler - seriel version

• dep: libstdc++6 (>= 11) [hppa]

  GNU Standard C++ bibliotek v3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [not hppa, m68k, sh4]

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [m68k, sh4]

• dep: libunwind8 [ia64]

  Bibliotek til at bestemme call-chain for et program - kørselstid

• dep: zlib1g [not m68k, sh4]

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.4) [m68k, sh4]

• rec: samtools

  Forarbejdning af sekvensopstillinger i SAM-, BAM- og CRAM-formater

• sug: bandage

  Bioinformatikprogram til nemt at navigere de novo-samlingsgrafer

Download minia

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	3.2.6-4+b2	389.8 kB	827.0 kB	[list of files]
amd64	3.2.6-4+b3	395.5 kB	753.0 kB	[list of files]
arm64	3.2.6-4+b4	385.8 kB	825.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	3.2.6-2	400.6 kB	744.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	3.2.6-4+b1	400.4 kB	941.0 kB	[list of files]
loong64 (unofficial port)	3.2.6-4+b2	386.5 kB	825.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	1.6906-2	173.6 kB	298.0 kB	[list of files]
mips64el	3.2.6-4+b2	386.6 kB	844.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	3.2.6-4+b2	391.5 kB	825.0 kB	[list of files]
ppc64el	3.2.6-4+b2	394.3 kB	825.0 kB	[list of files]
riscv64	3.2.6-4+b3	389.6 kB	677.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	1.6906-2	192.8 kB	291.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	3.2.6-4+b2	379.5 kB	2,431.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	3.2.6-4+b2	394.9 kB	711.0 kB	[list of files]