Package: minia (3.2.6-4 and others)

[ Source: minia  ]

assemblatore di sequenze biologiche a letture corte

Fino all'anno 2020 ciò che veniva chiamato sequenziamento di DNA di prossima generazione ("next-generation") produceva solo letture "corte", fino a ~600 paia basi in lunghezza, che poi dovevano essere unite come un puzzle, mediante sovrapposizioni casuali nella loro sequenza, fino ad un genoma completo. Questo è l'assemblamento di un genoma. Ci sono molti tranelli biologici in lunghi tratti di regioni a bassa complessità e variazioni nel numero di copie e altri tipi di ridondanze che lo rendono difficile.

Questo pacchetto contiene un assemblatore di sequenze di DNA a letture corte basato su un grafo di de Bruijn, capace di assemblare un genoma umano su un computer desktop in un giorno.

L'output di Minia è un insieme di contig, cioè tratti di sovrapposizioni lineari di letture corte privi di gap. Nel migliore caso possibile è un intero cromosoma.

Minia produce risultati con contiguità e accuratezza simili ad altri assemblatori di de Bruijn (es. Velvet).

Other Packages Related to minia

• dep: bc

  linguaggio di calcolo a precisione arbitraria GNU bc

• dep: libc6 (>= 2.34)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgatbcore3 (>= 1.4.2) [amd64]

  libreria dinamica del toolbox di analisi genomica

  dep: libgatbcore3 (>= 1.4.2+dfsg) [not amd64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  libreria di supporto a GCC

• dep: libhdf5-103-1t64

  file runtime C di HDF5 - versione seriale

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  libreria GNU Standard C++, versione 3

• dep: zlib1g

  libreria di compressione - runtime

• rec: samtools

  elaborazioni di allineamenti di sequenze nei formati SAM, BAM e CRAM

• sug: bandage

  applicazione bioinformatica per navigare facilmente grafi di assemblati de novo

Download minia

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	3.2.6-4+b1	391.1 kB	745.0 kB	[list of files]
arm64	3.2.6-4+b2	386.2 kB	825.0 kB	[list of files]
mips64el	3.2.6-4+b1	382.4 kB	844.0 kB	[list of files]
ppc64el	3.2.6-4+b1	392.5 kB	825.0 kB	[list of files]
riscv64	3.2.6-4+b1	388.9 kB	689.0 kB	[list of files]