Paket: minia (3.2.6-4 und andere)

[ Quellcode: minia  ]

short-read biological sequence assembler

What was referred to as "next-generation" DNA sequencing up to the year 2020 delivered only "short" reads up to ~600 base pairs in length that would then have to be puzzled by random overlaps in their sequence towards a complete genome. This is the genome assembly. And there are many biological pitfalls on long stretches of low complexity regions and copy number variations and other sorts of redundancies that render this difficult.

This package provides a short-read DNA sequence assembler based on a de Bruijn graph, capable of assembling a human genome on a desktop computer in a day.

The output of Minia is a set of contigs, i.e. stretches of gap-free linear overlaps of short reads. In the best possible case this is a whole chromosome.

Minia produces results of similar contiguity and accuracy to other de Bruijn assemblers (e.g. Velvet).

Andere Pakete mit Bezug zu minia

• dep: bc

  GNU bc - Rechnersprache mit beliebiger Genauigkeit

• dep: libc6 (>= 2.24) [sh4]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.34) [nicht alpha, ia64, m68k, sh4]

  dep: libc6 (>= 2.4) [m68k]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgatbcore3 (>= 1.4.2) [amd64]

  dynamic library of the Genome Analysis Toolbox

  dep: libgatbcore3 (>= 1.4.2+dfsg) [nicht amd64, m68k, sh4]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nicht hppa, ia64, m68k, sh4]

  GCC Support-Bibliothek

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libgcc1 (>= 1:4.2) [sh4]

  Paket nicht verfügbar

• dep: libgcc2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Paket nicht verfügbar

• dep: libhdf5-103-1 [hppa]

  Hierarchisches Datenformat 5 (HDF5) - C-Laufzeitdateien - serielle Version

• dep: libhdf5-103-1t64 [ia64]

  Hierarchisches Datenformat 5 (HDF5) - C-Laufzeitdateien - serielle Version

• dep: libhdf5-310 (>= 1.14.3) [nicht hppa, ia64, m68k, sh4]

  Hierarchisches Datenformat 5 (HDF5) - C-Laufzeitdateien - serielle Version

• dep: libstdc++6 (>= 11) [hppa]

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [nicht hppa, m68k, sh4]

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [m68k, sh4]

• dep: libunwind8 [ia64]

  Bibliothek zur Ermittlung der Aufrufkette eines Programms - Laufzeit

• dep: zlib1g [nicht m68k, sh4]

  Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.4) [m68k, sh4]

• rec: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• sug: bandage

  Bioinformatics Application for Navigating De novo Assembly Graphs Easily

minia herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
alpha (inoffizielle Portierung)	3.2.6-4+b2	389,8 kB	827,0 kB	[Liste der Dateien]
amd64	3.2.6-4+b3	395,5 kB	753,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	3.2.6-4+b3	386,0 kB	825,0 kB	[Liste der Dateien]
hppa (inoffizielle Portierung)	3.2.6-2	400,6 kB	744,0 kB	[Liste der Dateien]
ia64 (inoffizielle Portierung)	3.2.6-4+b1	400,4 kB	941,0 kB	[Liste der Dateien]
m68k (inoffizielle Portierung)	1.6906-2	173,6 kB	298,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	3.2.6-4+b2	386,6 kB	844,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64 (inoffizielle Portierung)	3.2.6-4+b2	391,5 kB	825,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	3.2.6-4+b2	394,3 kB	825,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	3.2.6-4+b2	389,3 kB	677,0 kB	[Liste der Dateien]
sh4 (inoffizielle Portierung)	1.6906-2	192,8 kB	291,0 kB	[Liste der Dateien]
sparc64 (inoffizielle Portierung)	3.2.6-4+b2	379,5 kB	2.431,0 kB	[Liste der Dateien]
x32 (inoffizielle Portierung)	3.2.6-4+b2	394,9 kB	711,0 kB	[Liste der Dateien]