Package: biobambam2 (2.0.185+ds-2)

[ Source: biobambam2  ]

strumenti per elaborare file di allineamento a livello iniziale

Questo pacchetto contiene alcuni strumenti per elaborare file BAM e include:

  bamsormadup:       ordinamento parallelo e marcatura di duplicati;
  bamcollate2:       legge BAM e scrive BAM riordinati in modo che siano
                     allineati o accorpati in base al nome
                     dell'interrogazione;
  bammarkduplicates: legge BAM e scrive BAM con allineamenti duplicati
                     segnati usando il campo dei flag di BAM;
  bammaskflags:      legge BAM e scrive BAM mascherando (rimuovendo) bit
                     dalla colonna dei flag;
  bamrecompress:     legge BAM e scrive BAM con un'impostazione di
                     compressione definita; questo strumento è in grado di
                     usare il multi-threading;
  bamsort:           legge BAM e scrive BAM riordinati per coordinate o per
                     nome dell'interrogazione;
  bamtofastq:        legge BAM e scrive FastQ; l'output può essere confrontato
                     o meno con il nome dell'interrogazione.

Other Packages Related to biobambam2

• dep: libc6 (>= 2.34) [not alpha, ia64]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [ppc64el]

  libreria di supporto a GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [not ia64, ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  libreria di supporto GOMP (GCC OpenMP)

• dep: libmaus2-2 (>= 2.0.813+ds)

  collection of data structures and algorithms for biobambam

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  libreria GNU Standard C++, versione 3

• dep: libunwind8 [ia64]

  libreria per tracciare la catena di chiamate di un programma - runtime

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  libreria di compressione - runtime

Download biobambam2

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	9,150.3 kB	73,920.0 kB	[list of files]
amd64	9,203.8 kB	64,327.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	10,230.3 kB	117,346.0 kB	[list of files]
mips64el	7,602.0 kB	75,740.0 kB	[list of files]
ppc64el	8,944.3 kB	76,579.0 kB	[list of files]
riscv64	8,815.6 kB	51,675.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	9,225.9 kB	60,999.0 kB	[list of files]