Pacote: biobambam2 (2.0.185+ds-2)

[ Fonte: biobambam2  ]

tools for early stage alignment file processing

This package contains some tools for processing BAM files, including

  bamsormadup:  parallel sorting and duplicate marking
  bamcollate2:  reads BAM and writes BAM reordered such that alignment
                or collated by query name
  bammarkduplicates: reads BAM and writes BAM with duplicate alignments
                marked using the BAM flags field
  bammaskflags: reads BAM and writes BAM while masking (removing) bits
                from the flags column
  bamrecompress: reads BAM and writes BAM with a defined compression
                 setting. This tool is capable of multi-threading.
  bamsort:       reads BAM and writes BAM resorted by coordinates or
                 query name
  bamtofastq:    reads BAM and writes FastQ; output can be collated
                 or uncollated by query name

Outros pacotes relacionados a biobambam2

• dep: libc6 (>= 2.34) [não alpha, ia64, loong64]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [loong64]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [ppc64el]

  Biblioteca de suporte GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [não ia64, ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  biblioteca de suporte ao GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libmaus2-2 (>= 2.0.813+ds)

  collection of data structures and algorithms for biobambam

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  Biblioteca C++ padrão da GNU v3

• dep: libunwind8 [ia64]

  biblioteca para determinar a cadeia de chamadas de um programa - execução

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  biblioteca de compressão - runtime (tempo de execução)

Download de biobambam2

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
alpha (porte não oficial)	9,150.3 kB	73,920.0 kB	[lista de arquivos]
amd64	9,203.8 kB	64,327.0 kB	[lista de arquivos]
ia64 (porte não oficial)	10,230.3 kB	117,346.0 kB	[lista de arquivos]
loong64 (porte não oficial)	8,614.9 kB	62,743.0 kB	[lista de arquivos]
mips64el	7,602.0 kB	75,740.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	8,944.3 kB	76,579.0 kB	[lista de arquivos]
riscv64	8,815.6 kB	51,675.0 kB	[lista de arquivos]
x32 (porte não oficial)	9,225.9 kB	60,999.0 kB	[lista de arquivos]