Пакунок: stacks (2.55+dfsg-1)

[ Source: stacks  ]

pipeline for building loci from short-read DNA sequences

Stacks is a software pipeline for building loci from short-read sequences, such as those generated on the Illumina platform. Stacks was developed to work with restriction enzyme-based data, such as RAD-seq, for the purpose of building genetic maps and conducting population genomics and phylogeography.

Note that this package installs Stacks such that all commands must be run as: $ stacks <cmdname> <args>

Інші пакунки пов'язані з stacks

• dep: libc6 (>= 2.29)

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libdbi-perl

  Perl-інтерфес до базданих (DBI)

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf, ppc64el]

  Допоміжна бібліотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  Підтримувальна бібліотека GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libhts3 (>= 1.10)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 9)

  Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3

• dep: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  Бібліотека стискання даних (виконавчий модуль)

• rec: libspreadsheet-writeexcel-perl

  module to create Excel spreadsheets

• rec: littler

  GNU R scripting and command-line front-end -- transition package
  also a virtual package provided by r-cran-littler

• rec: python3

  Інтерактивна обʼєктно-орієнтована мова високого рівня (типова версія „python3“)

Завантажити stacks

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
amd64	1,041.1 kB	5,465.0 kB	[список файлів]
arm64	910.1 kB	4,849.0 kB	[список файлів]
armel	875.0 kB	4,664.0 kB	[список файлів]
armhf	900.6 kB	3,312.0 kB	[список файлів]
i386	1,112.2 kB	5,680.0 kB	[список файлів]
mips64el	990.5 kB	6,867.0 kB	[список файлів]
mipsel	1,014.9 kB	6,522.0 kB	[список файлів]
ppc64el	1,033.4 kB	6,741.0 kB	[список файлів]
s390x	912.5 kB	5,601.0 kB	[список файлів]