パッケージ: stacks (2.55+dfsg-1)

[ ソース: stacks  ]

pipeline for building loci from short-read DNA sequences

Stacks is a software pipeline for building loci from short-read sequences, such as those generated on the Illumina platform. Stacks was developed to work with restriction enzyme-based data, such as RAD-seq, for the purpose of building genetic maps and conducting population genomics and phylogeography.

Note that this package installs Stacks such that all commands must be run as: $ stacks <cmdname> <args>

その他の stacks 関連パッケージ

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

• dep: libdbi-perl

  Perl Database Interface (DBI)

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [armel, armhf, ppc64el 以外]

  GCC 共有ライブラリ

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  GCC OpenMP (GOMP) サポートライブラリ

• dep: libhts3 (>= 1.10)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 9)

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

• dep: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  圧縮ライブラリ - ランタイム

• rec: libspreadsheet-writeexcel-perl

  module to create Excel spreadsheets

• rec: littler

  GNU R scripting and command-line front-end -- transition package
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: r-cran-littler

• rec: python3

  対話式の高レベルオブジェクト指向言語 (デフォルト python3 バージョン)

stacks のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	1,041.1 kB	5,465.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	910.1 kB	4,849.0 kB	[ファイル一覧]
armel	875.0 kB	4,664.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	900.6 kB	3,312.0 kB	[ファイル一覧]
i386	1,112.2 kB	5,680.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	990.5 kB	6,867.0 kB	[ファイル一覧]
mipsel	1,014.9 kB	6,522.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	1,033.4 kB	6,741.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	912.5 kB	5,601.0 kB	[ファイル一覧]