Paquet : centrifuge (1.0.3-8)

[ Paquet source : centrifuge  ]

système rapide et économe en mémoire de classification de séquences ADN

Centrifuge est un système très rapide et économe en mémoire de classification de séquences ADN d’échantillons microbiens, avec une meilleure sensibilité et une précision similaire que d’autres systèmes éminents. Le système utilise an nouveau schéma d’indexation basé sur la transformation de Burrows-Wheeler (BWT) et l’index de Ferragina-Manzini (FM), optimisés spécifiquement pour le problème de classification métagénomique. Centrifuge nécessite un index relativement petit (par exemple, 4,3 Go pour environ 4100 génomes de bactéries), mais propose une vitesse de classification très rapide lui permettant de procéder à une séquençage ADN classique en une heure. Ces avancées permettent une analyse rapide et précise de grands ensembles de données métagénomiques sur des ordinateurs de bureau conventionnels.

Autres paquets associés à centrifuge

• dep: hisat2

  graph-based alignment of short nucleotide reads to many genomes

• dep: jellyfish

  count k-mers in DNA sequences

• dep: libc6 (>= 2.29)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [non armel, armhf, i386]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386]

• dep: libstdc++6 (>= 9)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

Télécharger centrifuge

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	525,0 ko	1 669,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	492,5 ko	1 463,0 ko	[liste des fichiers]
armel	489,3 ko	1 491,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	483,2 ko	1 171,0 ko	[liste des fichiers]
i386	545,5 ko	1 799,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	523,3 ko	1 805,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	551,4 ko	1 787,0 ko	[liste des fichiers]