Paquet : amap-align (2.2+git20080214.600fc29+dfsg-2 et autres)

[ Paquet source : amap-align  ]

alignement multiple de séquences protéiques par appariement

AMAP est un outil en ligne de commande pour effectuer des alignements multiples de séquences peptidiques. Il utilise le décodage a posteriori, et l'alignement par appariement de séquence, au lieu de la méthode traditionnelle d'alignement progressif. C'est le seul programme permettant le contrôle de la sensibilité et de la spécificité. Il est basé sur le code source de ProbCons mais utilise une métrique de précision et élimine la transformation de cohérence.

L'outil Java de visualisation d’AMAP 2.2 n'est pas encore disponible dans Debian.

Étiquettes: Domaine: Biologie, Bio-informatique, Mis en œuvre en: implemented-in::c++, interface::commandline, Rôle: Programme, Champ d'application: Utilitaire, But: use::analysing, use::comparing, Format pris en charge: Texte simple, Fonctionne avec: Étiquette supplémentaire nécessaire

Autres paquets associés à amap-align

• dep: libc6 (>= 2.27) [non alpha, ia64, riscv64, sh4]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.31) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [riscv64]

• dep: libc6.1 (>= 2.27) [alpha]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [non armel, armhf, hppa, ia64, m68k]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [riscv64]

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [armel, armhf, s390x]

  dep: libstdc++6 (>= 9) [non armel, armhf, riscv64, s390x]

• dep: libunwind8 [ia64]

  bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable

Télécharger amap-align

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	2.2+git20080214.600fc29+dfsg-2	137,7 ko	1 223,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	2.2+git20080214.600fc29+dfsg-2	129,2 ko	1 214,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	2.2+git20080214.600fc29+dfsg-2	121,6 ko	1 182,0 ko	[liste des fichiers]
armel	2.2+git20080214.600fc29+dfsg-2	106,8 ko	1 174,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	2.2+git20080214.600fc29+dfsg-2	107,2 ko	1 118,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	2.2+git20080214.600fc29+dfsg-2	128,0 ko	1 191,0 ko	[liste des fichiers]
i386	2.2+git20080214.600fc29+dfsg-2	112,0 ko	1 186,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	2.2+git20080214.600fc29+dfsg-2	190,0 ko	1 454,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	2.2+git20080214.600fc29+dfsg-2	106,8 ko	1 190,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	2.2+git20080214.600fc29+dfsg-2	128,3 ko	1 216,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	2.2+git20080214.600fc29+dfsg-2	130,9 ko	1 230,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	2.2+git20080214.600fc29+dfsg-2	140,3 ko	1 230,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	2.2+git20080214.600fc29+dfsg-2+b1	134,2 ko	1 156,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	2.2+git20080214.600fc29+dfsg-2	109,2 ko	1 202,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	2.2+git20080214.600fc29+dfsg-2	131,7 ko	1 154,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	2.2+git20080214.600fc29+dfsg-2	116,8 ko	1 193,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	2.2+git20080214.600fc29+dfsg-2	131,0 ko	1 210,0 ko	[liste des fichiers]