Paquet : discosnp (1:2.6.2-4 et autres)

[ Paquet source : discosnp  ]

détection du polymorphisme d'un seul nucléotide pour des ensembles bruts de lectures

Software discoSnp is designed for discovering Single Nucleotide Polymorphism (SNP) from raw set(s) of reads obtained with Next Generation Sequencers (NGS).

Note that number of input read sets is not constrained, it can be one, two, or more. Note also that no other data as reference genome or annotations are needed.

The software is composed by two modules. First module, kissnp2, detects SNPs from read sets. A second module, kissreads, enhance the kissnp2 results by computing per read set and for each found SNP:

 1) its mean read coverage
 2) the (phred) quality of reads generating the polymorphism.

This program is superseded by DiscoSnp++.

Autres paquets associés à discosnp

• dep: bc [m68k, sh4]

  langage de calculateur de précision arbitraire bc GNU

• dep: gatb-core [non m68k, sh4]

  boite à outils génomique avec le graphe de de Bruijn

• dep: libc6 (>= 2.24) [sh4]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.29) [hppa]

  dep: libc6 (>= 2.38) [non alpha, hppa, ia64, m68k, sh4]

  dep: libc6 (>= 2.4) [m68k]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgatbcore3 (>= 1.4.2) [amd64]

  dynamic library of the Genome Analysis Toolbox

  dep: libgatbcore3 (>= 1.4.2+dfsg) [non amd64, m68k, sh4]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [non hppa, ia64, m68k, sh4]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgcc1 (>= 1:4.2) [sh4]

  Paquet indisponible

• dep: libgcc2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Paquet indisponible

• dep: libhdf5-103-1 [hppa]

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libhdf5-103-1t64 [ia64]

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libhdf5-310 (>= 1.14.3) [non hppa, ia64, m68k, sh4]

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libstdc++6 (>= 11) [hppa]

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ia64]

  dep: libstdc++6 (>= 14) [non hppa, ia64, m68k, sh4]

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [m68k, sh4]

• dep: libunwind8 [ia64]

  bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable

• dep: python [m68k, sh4]

  Paquet indisponible

• dep: python3 [non m68k, sh4]

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.4) [m68k, sh4]

  Bibliothèque de compression - binaires

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.6) [non m68k, sh4]

Télécharger discosnp

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	1:2.6.2-4+b1	1 408,4 ko	3 063,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	1:2.6.2-4+b2	1 423,5 ko	2 900,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	1:2.6.2-4+b1	1 408,6 ko	3 060,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	1:2.6.2-1	1 416,6 ko	2 789,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	1:2.6.2-3+b1	1 435,4 ko	3 315,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	1.2.6-2	121,2 ko	299,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	1:2.6.2-4+b1	1 408,7 ko	3 120,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	1:2.6.2-4+b1	1 424,5 ko	3 263,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	1:2.6.2-4+b1	1 424,5 ko	3 124,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	1:2.6.2-4+b1	1 411,9 ko	2 760,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	1.2.6-2	148,7 ko	299,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	1:2.6.2-4+b1	1 388,4 ko	7 047,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	1:2.6.2-4+b1	1 407,2 ko	2 678,0 ko	[liste des fichiers]